從1231年至1273年，元朝(蒙古)先后九次征伐高麗，最終高麗投降，成為元朝的征東行省。1231年蒙古軍進攻高麗，國王和王室貴族遷都江華島;1258年高麗崔氏政權垮臺，國王投降蒙古;不服投降蒙古的三別抄發動抗蒙古戰爭，1273年蒙古占領濟州島，結束抗蒙古戰爭。

一、戰前形勢

1216年，一支原依附于蒙古人的契丹軍隊造反失敗后，流竄進入高麗境內，占領高麗江東城，并以此為據點四處燒殺搶掠。1218年，蒙古大將哈真統帥大軍追擊契丹叛軍進入高麗，高麗國王派遣將軍趙沖領軍協助，并向蒙古軍提供糧草。

1219年，江東城守敵投降，哈真與趙沖舉行盟誓，蒙古與高麗約為兄弟之國。蒙古從此年年遣使到高麗索要各種物品(從毛皮、綢緞到筆墨紙硯無一不要)。高麗國小民困，物產不多，敵視蒙古的情緒逐漸升溫。

1225年，一蒙古使者在出使高麗返回的途中被殺。殺死使者在蒙古人看來是不可饒恕的大罪，曾多次為此與別國開戰。但由于蒙古大軍西征，接著元太祖成吉思汗又在征討西夏途中逝世，使蒙古帝國沒有立即對高麗展開報復。

二、窩闊臺汗四征高麗

元太宗窩闊臺即位后，以高麗殺使者為由，于1231年八月命撒禮塔率蒙古大軍討伐高麗。蒙古軍入據高麗后，洪福源率民1500余戶前來迎降，附近州郡亦有來降者。撒禮塔在洪福源的協同下先后攻取40余座城，連戰連捷的蒙軍直逼高麗王城。高麗高宗遣其弟懷安公王乞降。蒙古軍隊索取了巨額財物后退軍。但仍在高麗的各京、府、縣留下了72名達魯花赤(鎮守者)，對高麗進行間接控制。

1232年六月，高麗王舉反，殺死蒙古所置達魯花赤72人。為避免蒙古的報復，高麗權臣崔怡決定遷都江華島。于是，窩闊臺決定第二次討伐高麗。八月，再命撒禮塔率師征高麗，至王京南，攻其處仁城時，中流矢亡。副帥鐵哥領蒙古軍回師。原降服的高麗百姓歸由洪福源統治。十月，高麗王遣其將軍金寶鼎、郎中趙瑞章向窩闊臺上書請罪。

1233年四月，窩闊臺詔諭高麗王悔過，并指出他犯下的五大罪狀。高麗王因占據江華島，而蒙古無水兵，故不從命朝覲。反而又派兵攻陷已歸附于蒙古的西京等處，劫奪了降將洪福源的家。為此，窩闊臺決定第三次派兵討伐高麗。 1235年春，窩闊臺命唐古再征高麗，至1237年先后占領龍岡、咸從等余城。高麗王請降，但不親赴朝覲，只遣使入朝。蒙古則一再促其還都陸上，履約朝覲，然高麗王總是拖延不動。 因此，1240年蒙古又派兵攻克昌州、朔州等地。1241年高麗王以族子為己子入質，高麗又臣服于蒙古。

三、貴由汗至蒙哥汗四征高麗

1246年(元定宗貴由汗元年)高麗又停止歲貢時，蒙古軍隊從1247年至1258年(元憲 宗蒙哥汗八年)間，曾4次進攻高麗，迫使高麗王遣王子前來朝貢，并留蒙為質。

自從1232年高麗遷都江華島后，被激怒的蒙古大軍先后遣軍7次征伐高麗，給高麗百姓造成了深重的災難。不少地方因畏懼蒙古軍威，紛紛舉城歸附蒙古。高麗有不少大臣也對與蒙古對抗到底的政策提出了質疑。同時，蒙古也在籌劃另立高麗入質蒙古的質子為新君，而這一旦成為既成事實，高麗朝廷便面臨邊緣化的危險。

1258年，高麗眾大臣發動政變，殺死了主張棄陸保島的權臣崔氏，出陸向蒙古投降。1259年，蒙古與高麗達成和解協議，蒙軍撤出高麗，高麗朝廷遷出江華島移居陸地，并派王子入朝蒙古，兩國戰爭狀態結束。

四、忽必烈消滅高麗抵抗勢力

元世祖忽必烈中統元年(1260年)春，高麗國王逝世，忽必烈派兵護送高麗王子歸國即位，是為高麗元宗，同時宣布在高麗境內實行大赦，送還高麗俘虜及逃入遼東的民戶，禁止蒙古邊將侵擾高麗，以撫民心。元宗即位后一直采取親元立場，引起大臣的不滿。

忽必烈視高麗為元朝的屬國和進攻日本的跳板。至元五年(1268年)夏，忽必烈責令高麗新國王在高麗制造可載4千石的海船1千艘，以備元軍攻打日本或南宋之需。元朝對高麗的控制和榨取，使高麗朝野極為不滿。至元六年(1269年)八月(陰歷，下同)，林衍廢其王。同年十月，忽必烈派頭輦哥率大兵壓境;封在京朝覲之高麗王世子為特進、上柱國，并派兵護送他回國平亂;同時派兵部侍郎里德(史書寫為里德)一行出使高麗，限期高麗林衍等來京陳情，聽候決斷。在元朝三懾之下，高麗都統領崔坦、李延齡等以西京(今平壤)50余城歸降。高麗元宗復其位，并親自朝見忽必烈。 至元七年(1270年)正月，忽必烈將高麗西京改為為東寧府(后升東寧路)，劃歸元朝遼陽行省。同時派頭輦哥率領軍隊護送高麗國王父子回國，委任脫脫朵兒、焦天翼為高麗達魯花赤(督官)。同年春，元軍兵臨王京(今開城)城下。此時，林衍已死，其黨三別抄軍首領裴仲孫等擁立王室庶族承化侯王溫，退守珍島(今南金羅道)堅持抗元。

至元八年(1271年)五月，元將領忻都率兵攻占珍島，王溫等被殺。金通精退往耽羅(今濟州島)。至元十年(1273年)四月，忻都攻占耽羅，捉拿了金通精等人。元朝遂設耽羅國詔討司，屯兵駐守。

蒙古于高麗置征東行省，全稱征東等處行中書省，由元朝直接統治。在王京(今朝鮮開城)設達魯花赤管理征東事務及監管高麗國政;保留高麗原有政府體系，“從其國俗”、“自奏選屬官”，丞相由高麗國王兼任。此外，遷于遼陽行省沈州的“高麗軍民總管府”主要負責高麗僑民事務;設于黑龍江下游奴兒干的“征東詔討司”負責骨嵬、吉里迷等族事務;設于耽羅島上的“耽羅軍民總管府”負責防倭和高麗海外僑民事務。元朝直接統治的“高麗軍民總管府”“征東詔討司”“耽羅軍民總管府”設有參知政事管理。

至元十一年(1274年)五月，忽必烈將女兒忽都魯潔麗米斯嫁給高麗王子，六月，高麗老王逝世，王子繼位。翌年，應忽必烈要求，高麗新國王改變了所有與元朝相類似的省、院、臺、部等官職名稱，派遣20名貴族子弟前來“入侍”元朝。

至元十七年(1280年)夏，元朝在高麗創設驛站，加封高麗王儲為開府儀同三司和行省左丞相。第二年，元朝在高麗征發軍士、水手25，000人，戰船900艘，參加侵日戰爭。高麗民眾不堪其擾。至元十九年(1282年)，日本侵擾高麗沿海，在高麗國王請求下，元軍駐防金州。第二年，元朝正式在高麗設置征東行中書省，以高麗王與元軍將領阿塔海共領行省事。至元二十一年(1284年)，忽必烈將耽羅劃歸高麗。

大德三年(1299年)，元成宗鐵穆耳大帝命闊里吉思為高麗征東行省平章事，因闊里吉思對高麗內政橫加干預，引起高麗人民的極大憤慨。1301年，成宗被迫撤銷行省建置。然而，直至元末，高麗的內政與外交均受到元朝的控制。

1280年元朝為了進攻日本在朝鮮半島設置征東行省，在高麗首都派遣“達魯花赤”控制高麗國政，高麗國王只能住在江華島上。1281年隨著進攻日本失敗曾一度解散征東行省，1287年復設征東行省，并以高麗王兼任征東行省達魯花赤，成為元朝的藩屬國，直到1356年恭愍王回復時高麗朝廷才重新掌握統治權。

自從高麗元宗的世子忠烈王娶忽必烈的女兒為妻后，以后的高麗君主直到高麗恭愍王都是娶蒙古公主為妻。高麗君主繼承人按照約定，必須在元大都以蒙古人的方式長大成人后，方可回高麗。高麗徹底歸順。