隨著1938年德國對奧地利的吞并，納粹開始著手在奧地利北部城市林茨(Linz)附近修建集中營， 毛特豪森于1938年8月開始運轉。整個營體被設計成老式堡壘風格，四周以石墻和高塔為主。眾多的猶太人和來自奧地利、荷蘭、意大利還有匈牙利的政治犯被囚禁于些，并被強制征為采石廠的勞動力。在二戰期間，成千上萬的蘇聯和波蘭戰俘也并囚禁在毛特豪森(Mauthausen Concentration Camp)從1939年1月至1945年4月大約有十萬人左右死于此，他們中大多數是累死在采石廠，其他的是被槍斃或被送進毒氣室。毛特豪森在1945年5月5-6日被美軍第11裝甲師解放。在頭一年，帶到毛特豪森的1100名囚徒是普通犯人，是一些被當作不合群、不適合在德國社會生活的人。此外，第三帝國的政敵也被帶到毛特豪森，其中包括一些從達豪轉來的政治犯。整個戰爭期間，毛特豪森主要用來囚禁在政治或意識形態上反對納粹政權的人。

毛特豪森分為三部分：監獄區、辦公區和黨衛軍住宅區。監獄區是毛特豪森的主體，又由三部分組成。囚徒住在一號營的20間棚屋之中。每間棚屋可容納300名囚犯，但在大多數情況下會塞進600多人。有4間棚屋是檢疫棚，新囚徒先要在此生活三星期，再搬入其它棚屋。二號營是工場，包含4間棚屋。從1944年初開始，它也用作檢疫區。三號營建于1944年春，起初有6間棚屋。從1944年夏起，體弱多病的囚徒在遇害前會被帶到這里。兇殘的黨衛軍骷髏隊負責看守營區。囚徒中有各種權力職位，例如營地老大、老大的副手以及營登記員。營地的工作由牢頭獄霸監管，而營區則由各區老大、區登記員和寓所老大掌控。所有任職的囚徒都有特權。

第二次世界大戰爆發前，毛特豪森與德國其它的集中營相差無幾。德國囚犯被關押起來從事艱辛的苦役，但營地條件還不像后來那樣殘忍。戰爭一開始，毛特豪森的情況就變了。經過擴建，它既是集中營又是屠殺中心，接收來自德國和其它納粹占領國的政治或意識形態方面的反對者。食物配給量日益下降，囚徒生活在擁擠不堪和骯臟的環境中。這導致霍亂和痢疾流行，拖垮和殺死了許多人。到1939年底，營地人口翻了一番，達到2666人。在1940年，抵達的囚犯人數呈幾何級數增長。約11，000名新囚犯運抵毛特豪森，致使營地當局在營地附近建立了第一座附屬營，這種附屬營后來又建了好幾座。在1940年抵達的囚犯當中有一群西班牙共和黨人，他們是在弗朗西斯科佛朗哥將軍贏得西班牙內戰后逃離西班牙的。他們原在法國避難，未曾料到在1940年5月德國人入侵法國后會落入納粹手中。

1941年，共有18，000名新囚徒抵達毛特豪森，其中包括營地的第一批猶太人，他們來自荷蘭，于5月份抵達。其他新囚徒包括許多新來的西班牙人、捷克政治犯和4000多名蘇聯戰俘。由于黨衛軍首領賴因哈德海德里希被捷克抵抗斗士殺死，作為報復，大多數捷克囚徒當年夏天就遇害了。蘇聯戰俘單獨住在名為俄羅斯營的棚屋之中。盡管有大量囚徒不斷住進來，但營地的死亡率極高，到1941年底只剩下11，135人。在1942年，囚徒繼續從荷蘭、蘇聯、捷克斯洛伐克和南斯拉夫抵達。此外，新來的還有法國、比利時、希臘和盧森堡的流放者。在1943年，來自全歐洲的21，028名新囚徒抵達，其中只有少量猶太人。同年，8000多名囚徒死于毛特豪森及其子營古森。

1944年，大批新囚徒抵達。德國當局遂下令建造幾座附屬營來控制過剩人口。共有65，000多名新囚徒登記在冊，這一年最高曾達到114，524人。1944年5月，毛特豪森接納了來自奧斯威辛的大量遭流放的猶太人。這一年在毛特豪森死亡的猶太人高達3000人。1944年10月波蘭華沙起義被鎮壓后，大批波蘭人也于同年抵達毛特豪森。許多波蘭學生和地下成員抵達后很快就遇害了。1945年，近25，000名新囚徒來到毛特豪森，其中有一群來自匈牙利的猶太囚徒，他們之前關押在奧地利-匈牙利邊界的營地中，被迫修建防御工事。隨著作戰前線日益逼近，他們的營地被騰空，囚犯們徒步前往毛特豪森，許多人在途中死去。關押在毛特豪森的猶太人比其他囚徒受到的待遇要差得多。他們被迫在子營挖地道，用作地下軍工廠，納粹期望他們以常人難以忍受的飛速完成。約一個月后，猶太工人體力透支、精疲力竭，幾乎難以挪動。

1945年5月3日，一隊來自維也納的警察接管了營地的保安工作。次日，營地的所有工作停止了，黨衛軍官員也離開了。5月5日，美國軍隊抵達，營地獲得解放。共有199，404名囚徒曾囚禁在毛特豪森。約119，000人死于惡劣的環境、精疲力竭、營養不良和過度勞累，其中包括38，120名猶太人，還包括至少5名中國人。2003年5月11日，毛特豪森集中營舊址舉行了中國遇難同胞紀念碑揭幕儀式，深色的大理石紀念碑上鐫刻著：“紀念在此集中營遇難的中國同胞”。此外，在1941年8月到1942年10月，以及在1944年4月至12月期間，體弱多病和不合需要的囚徒被帶到附近的哈特姆城堡，在那里的毒氣室中遇害。現在毛特豪森被改造成了紀念館供后人參觀。