南昌是江西省會，位于九江以南，贛江與鄱陽湖之間，南鄰浙贛鐵路，系第九戰區重要戰略基地之一。武漢會戰時，日軍第11軍就奉有攻略南昌之任務。但由于其第101、第106師團沿南潯路前進時攻擊受挫，特別是第106師團在萬家嶺幾乎被全殲，所以未能完成任務，被阻止于修水北岸。中國空軍以南昌機場為基地，經常襲擊九江附近在長江中航行的日海軍艦艇，對九江及武漢日軍的后方補給交通線威脅甚大。日軍攻占武漢后，為切斷浙江、安徽、江西經浙贛路至大后方的交通線，解除對九江及長江航道的威脅，占領南昌機場以縮短其對中國南方進行戰略轟炸的航程，決定再次進攻南昌.并仍以第101師團和第106師團為主攻部隊。由于這2個師團損失慘重，必須休整、補充才能進行戰斗，所以預定于1939年3月間沿南潯路發動進攻。

1939年初，中日兩軍圍繞南昌發生了一系列爭奪戰，自3月17日日軍進攻吳城開始，到5月9日蔣介石下令終止反攻南昌結束，整整54天。作戰過程中，中國軍隊在付出巨大代價后，仍沒有守住南昌，在戰役的第二階段反攻南昌時，也未能達到目標。但此會戰給予日軍有生力量相當大的殺傷，為抗戰進入相持階段以后的一次具有重要意義的戰役.

南昌會戰在軍事、政治上的影響，有其積極的一面。它使全世界，特別是日本軍事當局認識到：日軍雖然占領了武漢三鎮，但既未能迫使國民政府屈服，也未能擊殲中國軍隊的主力，更沒有摧毀中國廣大軍民的抗戰意志。中國軍隊不僅繼續進行抗戰，還開始實施戰役范圍的反攻.

武漢會戰后，中國在長江南北分別以第9、第5戰區重兵武漢形成包圍態勢。南昌地區的戰略地位更顯突出，既掩護聯系第3、第9戰區的戰略運輸線即浙贛鐵路，又是中國方面集結重兵的戰略基地，對日軍構成重大威脅。南昌還有飛機場，中國飛機經常前往轟炸日軍長江中的軍艦。為此，日軍積極準備進攻南昌。

1939年2月時，中國已判斷出日本對南昌的進攻企圖，國民政府軍事委員會三次指令第9戰區向日軍另一線南潯方向發動進攻以轉移敵人的進攻方向，破壞日軍的進攻部署，但是該戰區一直以準備不周為由拖延進攻。3月17日，日軍搶先展開進攻。中國軍隊與日本侵略軍在南昌地區展開激戰。然而，從3月17日到27日，中國守軍10日內便丟失了南昌，守軍受到重大損失。這既因為日本占有武器裝備的優勢，也是因為中方的一系列失誤造成的。此后，日軍向西追擊，于4月2日陷重鎮高安。中國軍隊退守。此后日軍由于兵力不足，停止追擊，并從南昌地區撤走部分兵力，戰場相對穩定下來。

然而日軍新勝之余，沒有料到中國正在緊張醞釀旨在收復南昌的反攻，第3、第9戰區協力展開春季攻勢(也稱4月攻勢)。1939年4 月21 日，反攻正式展開，中國軍隊主力向南昌發動奇襲，一時打亂了敵軍陣腳，連克南昌外圍陣地。25、26日相繼推進到南昌城下。然而由于另一路中國軍隊未能完成切斷日軍增援的任務，日軍海軍陸戰隊趕赴支援。中國軍隊對日軍展開將近一周的激烈進攻，但未能取得進展，5月1日，蔣介石限期必須攻下南昌。為此，2日，中國軍隊發起第二輪猛烈的攻勢，進一步向南昌逼近。但此時已失去奇襲性質，只能進行攻堅戰，在敵之堅守下，中國軍隊傷亡慘重，為此，5月9日，下令停止進攻。而日軍也未能進一步反攻。南昌會戰結束。