1965年10月29日，一架日本航空公司的班機在臺灣松山機場降落。機場上聚集著在臺灣的政要和各界名流達1000余人，他們在等待著一個“特別”人物的到來。

飛機落地后，機艙門打開，只見孫科面露笑容走下飛機，頻頻頷首向歡迎人群致意。這是孫科在去美國十幾年之后，重又投入到國民黨的懷抱。

在蔣經國的陪同下，孫科一行驅車前往陽明山賓館。稍事休息后，孫科夫婦及公子孫治平夫婦前往臺北市中心的飯店，出席馬超俊、梁寒操、鄭彥棻等為其舉行的洗塵之宴。

當晚的宴會上，孫科對《中央日報》記者發表談話，說：“這次自美返回，是為參加國父百年誕辰紀念，了解島內進步情形，并會晤闊別多年的親友故舊。”

孫科返臺，名義上是參加“國父百年誕辰”紀念，但這不過是個借口，實際上他已準備長期落戶臺灣，但對外似乎不便明說。他希望自己能風光地、體面地受到款待，畢竟他在美國已經孤獨了許久，所以心理上不希望在返回臺灣時被冷落。

10月30日，孫科由蔣經國、鄭彥棻陪同，自臺北乘坐專機，飛抵臺灣南部晉見蔣介石，并由此拉開了他回臺非常之行的序幕。

蔣介石設午宴款待孫科，席間兩人都極力回避過去不愉快的往事。他們坐在一起，只是敘敘家常，不時偶露笑聲。午后，孫科乘機返回臺北。

從這天開始，孫科進入了他人生的又一“高峰”期。一直到12月底，孫科是臺島最為忙碌的人物，出鏡的頻率甚高，不是參加宴會，就是請他講演、參觀、揭幕、剪彩、接見，他應接不暇。也許是多年的守望，也許是似曾相識的感受，75歲高齡的孫科精神抖擻，一一應對。

孫科沒有想到的是，國民黨敗退臺灣，他本人辭去副總統遠赴海外十幾年后，他又一次成了蔣介石手中的一枚棋子。

時光飛逝，當年的故舊，不少已撒手人寰。上了年紀的人更容易懷舊，孫科當年沒能參加逝友的葬禮，如今回臺了，不能不去他們的墓上看一看，掬一把土，寄托哀思。孫科相繼去了陳誠、于右任的墓前致祭，并到公墓吊唁了許世英、吳忠信、蔣夢麟、朱家驊、洪蘭友、俞鴻鈞、傅秉常、錢新之等老友。其后，他又參加了居正夫婦靈骨安葬禮，祭拜了哥倫比亞老同學胡適博士。觸景生情，孫科頗為傷感，不斷嘆息著歲月無情，人生苦短。

這時的孫科，就像明星演出一樣，馬不停蹄地趕場子，忙得不亦樂乎。那一陣，孫科恨不能分身有術，許多單位不得已，只好合在一起恭請他。

1966年11月12日這一天，是孫科返臺一系列活動的高潮。上午，他參加了各界舉行的“慶祝國父百年誕辰紀念大會”。下午4時，“國立中山博物院”大廈舉行落成典禮，孫科主持“國父”銅像揭幕后致辭：“在南京中山陵的國父白大理石像，是1928年聘請法國名雕塑家塑造的，現在這座銅像模型大小一樣，稍微低一點，現在大家對國父都有‘高山仰止，景行行止’的感想，個人謹向國人與鑄造國父銅像，籌建博物院的有關人士致謝。”

12月16日中午，中國國民黨第一次全國代表大會的在臺代表李宗黃、張知本、黃季陸等聚餐，歡迎同為代表的孫科。算一算時間，那已是41年前的事了，如今老友重逢，頗為動情，若不是他們命大，恐怕只能在另一個世界相會了。

在近兩個月的忙碌之后，孫科總算歸于平靜，可以安坐在家中。

在蔣介石提名下，孫科接任了“考試院”院長一職。消息傳出，反應不一，有人認為以他的學識與資望，未免大材小用;有人覺得他淡出政壇多年，重又回到臺灣做官，有點“鬼迷心竅”。孫科對于外界的批評，少加辯白。孫科接“考試院”，按理可入住院長官舍，那是位于“考試院”斜對面一座寬大雅靜的平房。可他卻將其改為“考試院”圖書館，供屬下充作進修場所，自己則與家人仍住在舊房。

孫科晚年，可謂是精神領導“考試院”達7年之久。他只把握政策，至于具體工作，則放手由部屬去做。“考試院”在他的領導下，的確做了不少事，行政部門和人事單位主官對他非常尊重，“兩院”協調密切，凡事也就迎刃而解。

1973年9月13日下午5時，孫科突發心臟病，在臺北榮民總醫院結束了他的一生，終年83歲。