巫蠱之禍是漢武帝在位后期發生的一次重大政治事件，巫蠱為一種巫術。當時人認為使巫師祠祭或以桐木偶人埋于地下，詛咒所怨者，被詛咒者即有災難。晚年的漢武帝多病，因此非常相信是有人使用了巫蠱加害了自己。巫蠱事件的起源是在公元前92年，當時漢武帝住在建章宮，看見有人帶著劍進入中龍華門因此命人捕捉，但是這個男子棄劍而逃。此后巫蠱事件開始。公孫賀因是衛子夫皇后的姐夫，因此受到漢武帝的寵信，但公孫賀的兒子因擅自動用軍費，禍端從此埋下。

征和二年(公元前91年)，漢武帝的寵臣江充與太子劉據素來不和，遂趁機陷害太子，并與案道侯韓說、宦官蘇文等四人誣陷太子，皇后衛子夫和太子劉據起兵反抗不果，相繼自殺。壺關三老和田千秋等人上書訟太子冤，終于清醒過來的武帝于是夷江充三族，燒死蘇文。又修建“思子宮”，于太子被害處作“歸來望思之臺”，以志哀思。此事件牽連者達數十萬人，史稱“巫蠱之禍”。

武帝晚年，趙國人江充受武帝重用，且與太子及衛氏一族素不和。征和二年(公元前91年)武帝病重，有不久于世之象，江充、蘇文等人更加懼怕將來太子繼位后會誅殺他們。便想到利用“巫蠱之術”去制造陰謀。丞相公孫賀之子公孫敬聲被告發為巫蠱咒武帝，與陽石公主奸，賀父子下獄死，諸邑公主與陽石公主、衛青之子長平侯衛伉皆坐誅。武帝命寵臣江充為使者治巫蠱，江充使長安城的數萬人死于非命。而武帝去了別處休養，如往常般將政事托付與太子，后宮事托付皇后，卻并不召見太子與皇后所派的慰問使者。

隨后，江充來到皇后宮搜查，將皇后寢殿弄得連放床之處也沒有;接著江充去太子宮掘蠱，掘出桐木做的人偶，并栽贓太子咒詛君父。太子信任父親，并不認為父親會懷疑自己有弒父之心，本欲親往武帝處稟明冤情，然而見江充等來勢洶洶，因此召問少傅石德，石德認為皇帝在甘泉養病，甚至不見太子與皇后所派慰問使者，有可能不在人世，江充等人是在仿照趙高與李斯冤殺秦皇太子扶蘇的故事。為了自保，石德建議太子越權行事，拘捕江充等人及追查他們的陰謀。此時江充逼太子甚急，太子在情急下同意石德所言。七月壬午，太子派人假冒使者收捕江充等人。

江充助手按道侯韓說懷疑使者身份，不肯受詔，被來人殺死。太子派人稟告皇后，又分發武器給侍衛，搜查全城涉嫌巫蠱之人，并向百官宣布江充謀反。太子隨即殺死江充，處死上林苑中的巫蠱術士。但是百密一疏，讓蘇文僥幸脫逃，向武帝控訴太子起兵謀反，武帝開始并不相信：“太子必懼，又忿充等，故有此變。”派使者召太子，但使者不敢到太子那里，回報武帝說“太子反已成，欲斬臣，臣逃歸。”

父子終于失去了最后的溝通機會。被蘇文等人連續欺騙兩次后終于上當的武帝大怒，下令丞相劉屈氂率兵平亂。太子糾集了數萬人，與丞相軍激戰五日，死者數萬人。

最終，太子勢孤力弱而兵敗，唯有逃離長安。皇后自殺，太子賓客多人亦被捕殺。此時武帝暴怒，然而臣下卻懼而不言，壺關三老茂上書曰：“太子進則不得見上，退則困于亂臣，獨冤結而無告，不忍忿忿之心，起而殺充，恐懼逋逃，子盜父兵，以救難自免耳。臣竊以為無邪心。”意思就是太子進則不能面見皇上，退則被亂臣的陷害困擾，獨自蒙冤，無處申訴，忍不住忿恨的心情，起而殺死江充，卻又害怕皇上降罪，被迫逃亡。太子作為陛下的兒子，盜用父親的軍隊，不過是為了救難，使自己免遭別人的陷害罷了，臣認為并非有什么險惡的用心。

“智者不敢言，辯士不敢說，臣竊痛之！唯陛下寬心慰意，少察所親，毋患太子之非，亟罷甲兵，無令太子久亡！臣不勝惓惓，出一旦之命，待罪建章宮下！”意思就是智慧之人不敢進言，善辯之士難以張口，我心中實在感到痛惜。希望陛下放寬心懷，平心靜氣，不要苛求自己的親人，不要對太子的錯誤耿耿于懷，立即結束對太子的征討，不要讓太子長期逃亡在外！我以對陛下的一片忠心，隨時準備獻出我短暫的性命，待罪于建章宮外。武帝醒悟，有悔意，但并未赦免太子，太子逃到湖縣一戶貧家，戶主常賣屨以維持太子生活所需。太子有一位富有的故人在此地，因為劉據派人找他而被人發現，官吏圍捕太子，太子因拒絕被捕而自殺，戶主亦被殺。

到此“巫蠱之禍”事件也告一段落。久之，官吏和百姓以巫蠱害人罪相互告發的，經過調查發現多有不實。后來得知太子是被冤枉的，此時漢武帝霍然醒悟，立即就任命田千秋為大鴻臚，并下令將江充滿門抄斬，將蘇文燒死在橫橋之上。曾對太子兵刃相加的人也陸續被殺。上憐太子無辜，就派人在湖縣修建了一座宮殿，叫作“思子宮”，又造了一座高臺，叫作“歸來望思之臺”，借以寄托他對太子劉據和那兩個孫子的思念，天下聞而悲之。

對于漢武帝，有歷史學家給予了他“百代一帝”的輝煌定論，其實也不能一概定論，漢武帝雖為史上最偉大的皇帝之一，但他也有糊涂犯錯的時候，武帝晚年的脾氣憤怒異常，因“巫蠱之禍”事件殺戮慘重，在史書上也留下了沉重的一筆。由此看來，漢武帝“百代一帝”的輝煌定論也應另當別論了。