清太醫院初設在北京正陽門內東江米巷，今東交民巷西口路北附近。太醫院大門懸掛“太醫院”匾。大門前左為“土地祠”，右為“聽差處”。

明清的太醫院，兼具衛生部、總醫院、醫學院和保健局四種功能。

康熙三十二年(1693年)五月，康熙帝因患瘧疾，服用法國傳教士洪若翰等進的金雞納霜(奎寧)而病愈。光緒二十四年(1898年)九月初四日，法國駐華公使館多德福醫生曾為光緒帝診病開藥。但是，太醫院始終是以中醫中藥為主。

御醫職掌主要八項：侍直、進御、扈從、奉差、儲藥、祭先醫、診視獄囚、施藥等。其侍直，各以專科，分班輪值，在宮中稱宮直，在外廷稱六直。宮直在御藥房及各宮外班房值班，六直在外直房(如暢春園、圓明園)值班。扈從，皇帝出巡，御醫或奉旨點用，或按班輪值，都給夫馬、車輛裝載藥材，還給賬房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太醫奉旨前往。還給監獄囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御醫不一定都能給皇帝看病，給皇帝看病的不一定都是御醫。

考選遷轉太醫院的御醫，來自全國各地，從民間醫生以及舉人、貢生等有職銜的人中，挑選精通醫理，情愿為宮中效力的人，量才錄用。如康熙年間，北京同仁堂創始人樂顯揚曾任太醫院吏目一職，其子鳳鳴承襲父業，雍正年間同仁堂供奉御藥房的宮廷藥材，前后八代，一百八十八年。太醫院還設有教習廳，培養醫務人才。經歷六個寒暑，通過考試合格，才能錄用為醫士或醫生。他們的晉升，六年考試一次，成績合格，沒有差錯，一次升補。考試受八股文影響，如一次考題為“知者樂水，仁者樂山”，還看重書法。太醫開藥方，要字跡端好。這項人事錄用和晉升制度的優長是：第一，將考選、遷轉限制在院內，調出、調入均少，利于人才隊伍穩定;第二，御醫、吏目、醫士等采取考試方式選拔，擇優錄用，利于業務水平提升。

薪資待遇太醫院的院使月銀三兩，左右院判、七品御醫均月銀二兩二錢，吏目、醫士月銀一兩五錢。雍正元年(1723年)規定：醫士月給公費飯銀一兩五錢、米九斗。而一個普通太監月銀二兩，可見御醫的俸銀是偏低的。

御醫治病《明史·職官志》記載，給皇帝看病六要：一要組成班子，院使、御醫和內臣三方共責，相互監督。二要會診，共同診斷。三要共同選藥，聯名封記藥劑。四要共同監視煎藥。五要共同嘗藥，就是每二劑合為一，煎熟，分作二器，一份御醫、內臣先嘗，一份進御。清朝比明朝嘗藥更為嚴格：一器由御醫、院判、內監依次嘗藥;另一器進御。六要脈案方劑存檔備查。

藥房設藥庫儲存藥材。藥材按定例給價，由藥商采辦，內藥房醫生切造炮制。清宮藥房名目繁多，如御藥房、壽藥房、東藥房、西藥房、內藥房、外藥房、乾清宮藥房、武英殿露房、長春宮藥房、永和宮藥房等。有儲藥、煎藥、配制藥品等職能。

名醫多非御醫，御醫多非名醫。清代醫學，重于考據，沒有解剖學。康熙帝的人體解剖學著作，尚不能出版，遑論他人？名醫王清任夜間解剖死刑者尸體，參證獸畜，著《醫林改錯》，為中國人體解剖學開山之作。后唐宗海推廣發揮，著《中西匯通醫經精義》。