政教合一是太平天國重要的政治特征，也是導致太平天國內訌的重要原因，教權與政權的分離交叉，潛伏著權力分配與再分配的矛盾，終于導致“天京事變”，即“楊韋事變”的發生。1856年9月1日深夜至次日凌晨，北王韋昌輝帶兵包圍東王府，殺害東王楊秀清及其家眷后，又剿殺東王部下兩萬余人。

“天京事變”的具體起因有兩種說法。一說主要源于《李秀成自傳》，“那時權柄皆在東王一人手上，不得不封，逼天王到東王府封其萬歲”。1856年8月22日，楊秀清自稱“天父附身下凡”，召洪秀全到東王府“代天父傳言”，封楊為萬歲。洪秀全假意承諾并約定9月23日楊之生日舉行正式晉封大典，其后密詔韋昌輝等回天京救駕。此說較為流行。

另一說法來自《石達開自述》，認為楊秀清沒有“逼封”之舉，而是天王自愿的：“楊秀清性情高傲，韋昌輝屢受其辱。七年，韋昌輝請洪秀全誅楊秀清，洪秀全不許，轉加楊秀清偽號，韋昌輝不服，便將楊秀清殺死。”韋昌輝率兵剿殺楊秀清及其部屬，有沒有按洪秀全“密詔”旨意行事？還是自行其事？這也有多種說法。有人認為，韋昌輝“奉旨”行事可能性較大。洪秀全對于楊秀清居功自傲早有厭煩之意，當到了不能忍受的地步，密謀武力解決在所難免。如果沒有洪秀全的“密詔”和安排，韋昌輝是難以帶領3000兵毫無阻礙地進京，并迅速包圍東王府襲殺楊秀清的。

還有人認為，“天京事變”完全是韋昌輝欲取代楊秀清而發起的一場兵變。韋昌輝在江西連連失利后，為免遭懲處，率3000兵馬入京向洪秀全求情，洪讓韋到東王府聽從楊秀清發落。韋昌輝斷定楊不會輕饒自己，為避再次被楊羞辱，加上覬覦楊秀清權位已久，就先下手為強。密詔無人見過，其他人對洪秀全“密詔”只字未提，只有韋昌輝一人“以詔令將卒”。以他陰險狡詐的為人，偽造密詔不無可能。傳“密詔”有三：一為上述的“誅楊”密詔;一為“懲罰韋昌輝”密詔，實為誘騙楊秀清部下前去觀看，而圍殺之;“懸賞捉拿石達開”密詔，則是逼石離京，韋昌輝以達到在天京一手遮天的目的。

“天京事變”后，韋昌輝大開殺戒，有數萬太平軍將士在這場劫難中喪生。石達開聞訊趕回，責怪韋殺人過多。韋竟暗召其黨企圖殺石，好在石達開對韋有防范，早已深夜離城而走。韋昌輝感到“石必仇我”，就包圍翼王府，在殺害石達開母妻子女及親兵數十人后，向天朝宮殿發起火攻。洪秀全率宮中女兵與之對壘，喬裝翼王旗號追北王部隊，并包圍北王府，殺其妻小。韋昌輝亦被殺死，一說是在內橋柵口被軍民發現后暴打慘死，一說為生擒后被肢解，首級被送至石達開軍營。

“天京事變”直接導致太平天國運動由興盛轉為衰落。洪秀全沒有能夠全面分析總結這次變亂的根本原因，只是片面地吸取教訓，封兩個哥哥為王，挾制總理朝政的石達開，進而剝奪石的輔政之權。1857年6月2日，石達開離開天京，脫離洪秀全“遠征”，最終于1863年在四川全軍覆沒。

“天京事變”中，韋昌輝肯定難辭其咎，但洪秀全、楊秀清、石達開，也都應該承擔什么樣的責任呢？重重迷霧有待撥開。