白蓮教的歷史源遠流長，被歷代統治者定為邪教。元末白蓮教正式形成以前就出現如“吃菜事魔”、“妖賊”等種種邪教，多為與社會現實格格不入的宗教異端，以及一些打著宗教旗號的民間秘密教派、迷信團體。

白蓮教形成后，比較正規意義上的邪教開始出現，無論教徒“安分守己”與否，無論他們是崇道還是奉佛，他們的組織、經卷、教義和活動都與現實社會秩序不相吻合。要是從他們的信仰層面看，可以稱之為民間宗教;要是從他們的反政府活動看，可以稱之為秘密宗教;要是從他們的反社會層面看，他們就是真正意義上的“邪教”。

社會的黑暗，百姓無法生活下去，教派的發展必然走上反社會、反政府的道路。元末農民起義由相互混合的白蓮教、彌勒教和明教等秘密宗教發動，這些秘密宗教倡導彌勒降世、明王出世之說，便于草莽們用以號召群眾起來造反，推翻舊政權，因此成了元末草莽用以發動斗爭的武器。元末風起云涌的農民戰爭，推翻了元朝帝國，造就了一個嶄新的大明帝國，朱元璋橫空出世。

朱元璋由一介草民參加“邪教”發動的造反，最初對白蓮教、彌勒教和明教等秘密宗教是頗為信奉的。但為時不長，隨著其軍事勢力的增大，他的政治立場逐漸發生轉變，他搖身變成了統治者。他對易于被用來發動起義的秘密宗教(或曰邪教)的態度，也一天天地由信奉轉為疏遠，甚至變為反對。朱元璋作為一個下層出身的有政治頭腦人，深知民間教派對現行秩序的禍害。

元至正二十六年(1366年)，朱元璋在著名的討張士誠檄文中，就明確攻擊白蓮教的言辭：“愚民誤中妖術，不解偈言之妄誕，酷信彌勒之真有，冀其治世，以蘇其苦，聚為燒香之黨，根據汝穎，蔓延河洛。妖言既行，兇謀遂逞，焚蕩城郭，殺戮士夫，荼毒生靈，無端萬狀。”在此，他把原先曾信奉的白蓮教及彌勒教、明教等秘密宗教罵為“妖言”、“妖術”，表現了其深惡痛絕的態度。

朱元璋在正式建立明朝后，即以峻法嚴刑治理邪教。朱元璋登基不久，便明令禁止各民間教派的活動。但是白蓮教等教派活動并沒有止息，它遍布大江南北，成為整個明朝最為嚴重的社會問題之一。白蓮教不僅僅作為下層民眾反抗政府殘暴的組織形式，它表現出的形態要復雜得多。白蓮教的分支很多，眾多的支派系別也從來沒有統一過，它們從活動內容、方式到對統治者的態度往往各有千秋。一些支派仍被民眾用為對抗現行秩序的工具;一些教派的首領則發生蛻變，把白蓮教作為斂錢致富和實現政治野心的工具加以利用，甚至走向社會上層;更為可悲的是還有一些白蓮教派，在“邊寇”窺視中原時，充當奸細，淪為民族敗類。

有明一代，白蓮教的起義從來沒有斷絕。即使明代的其他著名教聞香教、門羅教、三一教、弘陽教、黃天教以及由它們演變而成的一些支派暴亂起義，愚昧的政府把這些全部歸罪于白蓮教，“皆隱白蓮之名，實演白蓮之教”。清軍入主中原之后不久，就遇到了“邪教”這個令前朝政府頭疼不已的重大社會問題。順治年間，各地“邪教”活動蜂起，愈演愈烈，且帶有反清色彩，實為民族矛盾激烈的結果。為了維護和鞏固剛剛建立起來的統治秩序，清廷也對“邪教”采取堅決鎮壓的政策。順治十三年十一月，皇帝又下旨嚴禁“邪教”。

由于清朝立國不久，不僅面對著前朝遺留下的爛攤子，還面臨著強大的民族反抗浪潮，所以根本無暇對不計其數的邪教窮究根本。至于康熙、雍正時期，兩朝皇帝多少帶有“與民休息”的味道，對于“邪教”沒有采取什么大的動作，白蓮教也就相對安定。干隆以后，情形就大不一樣了。民間被朝廷欺壓嚴重，民不聊生，僅干隆、嘉慶兩朝，就先后有王倫、林清和李文成及川陜五省“教匪”的大規模起事。

清代白蓮教起義應該說是以王聰兒的襄陽義軍為壯烈。王聰兒作為女性，成為教首和統帥有幾方面的原因。一方面是她具有出眾的武藝，以及廣大白蓮教教徒對其夫齊林的尊重和擁護。另一方面，也是最重要的一個原因則來自白蓮教教義本身。正如白蓮教經文(寶卷)中所說的：“或是男，或是女，本來不二。都仗著，無生母，一氣先天。”和“囑咐合會男和女，不必你們分彼此。”

前者是指無論男女，先天都是平等的，后者是指同教中的男女之間，不應存有芥蒂隔閡。因此，在白蓮教的許多分支創始人中有不少是女性，如明代尼姑呂氏創西大乘教、劉氏創龍門教、清代金氏創托陽教、劉氏創弘陽教等，都是女性。當民間宗教和農民起義相結合的時候，又出現了不少女統帥，如清干隆年間的一枝花等。

王聰兒率領湖北襄陽義軍連挫清軍，為保存實力，更久遠地打擊清廷，她率軍完成了從湖北經陜西到四川的戰略轉移。在打破清軍的三面合擊的戰役中，王聰兒在白帝城同清軍激戰三晝夜，最終突破了清軍的防線。此后，王聰兒率軍轉戰川陜邊界，每次出其不意打擊清軍，清軍處處被動，死傷慘重，剩下的也疲憊不堪。嘉慶皇帝惱羞成怒，大罵王聰兒是“賊中逆首”，勒令清軍務必圍殲。經過無數次苦戰，王聰兒率部回師湖北，在鄖陽(今鄖縣)三岔河的卸花坡與清軍遭遇，受到八路強敵的圍攻。以王聰兒、姚之富為首的30多名英雄姐妹，一個個跳崖自盡了。時窮節乃見，玉碎色猶白。明清兩朝白蓮教綿延不絕，為禍甚多，但于王朝更替時候為反抗殘暴統治做出的犧牲值得歌頌。