察罕帖木爾一死，朱元璋覺得再無后顧之憂，于是盡全力和南方各支漢人武裝大打出手。明朝徹底終結(jié)元朝的最后決戰(zhàn)，明朝在擊敗元朝統(tǒng)一關(guān)內(nèi)之后，這時(shí)候的朱元璋并未放松，首先在西北、西南與東北的一系列軍事行動(dòng)上孤立北元，在塞外日削月割地盤，為奪取元明戰(zhàn)爭(zhēng)的全面勝利鋪墊了道路。

1387年（洪武二十年，天元九年）九月，再接再厲的朱元璋任命藍(lán)玉大將軍，唐勝宗、郭英為左、右副將軍，率領(lǐng)十五萬大軍出塞，作戰(zhàn)目的是徹底殲滅北元小朝廷。此時(shí)明軍最可怕的對(duì)手王保保已經(jīng)于1375年（洪武八年，宣光五年）在蒙古草原撒手人寰。而王保保的手下的名將賀宗哲也在風(fēng)云變幻的日子里下落不明，由于這一段時(shí)間里王保保部隊(duì)沒有參與過較大規(guī)模的戰(zhàn)爭(zhēng)，因而賀宗哲很有可能是病死才在各種史籍中銷聲匿跡的。

王保保死后，軍中最具聲望的是他的弟弟脫因貼木兒。脫因貼木兒統(tǒng)率著那支由察罕貼木兒一手締造的軍隊(duì)，繼續(xù)保衛(wèi)著北元小朝廷。不過，北元軍引以為豪的鐵騎不再具備往日的風(fēng)采，原因是后勤補(bǔ)給能力一日不如一日。蒙古本地的冶鐵業(yè)規(guī)模有限，非常依賴從外地輸入鐵器。然而明朝嚴(yán)禁鐵制品輸出塞外，導(dǎo)致北元只能和西域等邊陲地區(qū)的商人進(jìn)行貿(mào)易，由于路途遙遠(yuǎn)，僅能起到杯水車薪的作用。北元軍戰(zhàn)損與自然消耗的鐵制軍械得不到及時(shí)的補(bǔ)充，不但鐵甲越來越少，連不少鐵箭的箭頭也改用動(dòng)物的骨髂制造，戰(zhàn)斗力大減。鐵制品缺乏的程度日益嚴(yán)重，到后來，在蒙古的牧民之中，甚至煮飯的鐵鑊也成為珍罕品。

雙方的實(shí)力此消彼長(zhǎng)，明軍的優(yōu)勢(shì)日益明顯。第二年年初，明軍前線統(tǒng)帥部獲得了重要的情報(bào)，知道北元小朝廷游牧到喀爾喀河、貝爾湖、克魯倫河一帶。機(jī)不可失，藍(lán)玉在同年三月親率大軍由大寧（今內(nèi)蒙古寧城一帶）進(jìn)至慶州（今內(nèi)蒙古巴林左旗西北），一路搜索前進(jìn)，終于把目標(biāo)鎖定在一個(gè)名叫“捕魚兒海”的地方。所謂的“捕魚兒海”，即是貝爾湖的古名。當(dāng)初元太祖成吉思汗按照蒙古游牧貴族的傳統(tǒng)分封親族時(shí)，將兀魯灰河等地（相當(dāng)于現(xiàn)在的烏珠穆沁旗一帶）封給了同母弟哈赤溫的后裔。而鄰近的捕魚兒海亦應(yīng)該是哈赤溫后裔的勢(shì)力范圍。北元小朝廷以“捕魚兒海”為棲身之地，這表明哈赤溫的后裔仍然忠于大汗脫古思貼木兒。

將士們“人不卸甲、馬不離鞍”，從間道兼程而進(jìn)，于四月九日，來到游魂南道，卻在此地找不到水源，一時(shí)饑渴難奈。關(guān)健時(shí)刻，“帶路黨”能起到特殊的作用，歸順的蒙古軍官觀童憑著多年來在塞外的生活經(jīng)驗(yàn)于營地附近發(fā)現(xiàn)了一處泉水，為全軍排憂解難，解了燃眉之急。克服重重障礙的藍(lán)玉于十一日到達(dá)距離捕魚兒海尚有四十余里百眼泉，卻突然間偵察不到敵軍的影蹤，失去了任何線索。他一度判斷錯(cuò)誤，以為敵人嗅到了什么蛛絲馬跡而躲藏得無影無蹤，想從這個(gè)環(huán)境惡劣的地方退兵。但他很快在定遠(yuǎn)侯王弼的勸阻之下改變了主意，決定在留在原地再堅(jiān)持一下，看看有什么新發(fā)現(xiàn)。為了不打草驚蛇，藍(lán)玉下令官兵在地上挖洞煮飯，以免大量濃煙直上云宵而被敵哨兵望見。

次日黎明，明軍搜索到了捕魚兒海的南岸，但此地空無一人，部隊(duì)停了下來。“少憇飲馬”。好消息突然來臨，藍(lán)玉從巡邏騎兵那里得到情報(bào)，確定北元小朝廷在捕魚兒海東北方向八十余里之外，便馬上下令求戰(zhàn)心切的王弼為先鋒，“銜枚卷甲”，直撲其營。 脫古思貼木兒與身邊的臣子們自以為明軍不熟悉地形，難以找到水源的位置，決不會(huì)這么快殺到，因而防備疏松。宿營之地里面的士卒正在牽馬備鞍，整理輜重，把一大批車輛的車頭都轉(zhuǎn)向北方，準(zhǔn)備轉(zhuǎn)移。偏偏在這個(gè)時(shí)候揚(yáng)起了大風(fēng)，沙塵滿地，白晝?nèi)缁蓿瑢?duì)明軍起到了很好的掩護(hù)作用。王弼提著雙刀帶兵神不知鬼不覺地悄悄接近，發(fā)起突然襲擊。驟不及防的北元軍隊(duì)來不及列陣，在混亂中死了數(shù)千人，另外有七萬七千多人與四萬七千匹戰(zhàn)馬被俘。此外，成為明軍戰(zhàn)利品的還有四千八百四十頭駱駝、十一萬二千四百五十二頭牛羊、三千余輛各式車輛以及一大批后勤輜重。

北元小朝廷直屬的中央禁衛(wèi)軍中的兩員悍將，曾經(jīng)參加過和林保衛(wèi)戰(zhàn)的太尉蠻子與太師哈剌章竭盡全力抵抗。其中蠻子被郭英當(dāng)場(chǎng)揮刀殺死，而哈剌章的大營亦在十多天后被藍(lán)玉擊破，所部“一萬五千八百三戶”與“馬驢四萬八千一百五十余匹”被俘，哈剌章本人下落不明。這兩個(gè)元朝老臣子昔日在和林并肩作戰(zhàn)，死中求生，現(xiàn)在卻在捕魚兒海劫數(shù)難逃。

中央禁衛(wèi)軍作為北元正規(guī)軍的主力，終于在這次決戰(zhàn)中基本上被明軍全殲。而北元地方部隊(duì)的主力脫因貼木兒所部也是螳臂當(dāng)車，逃脫不了全軍盡滅的命運(yùn)。脫因貼木兒逃跑時(shí)墜于馬下，不得不潛伏在草叢之間，但最終未能躲過明軍將士的搜捕。此后，各種史料再也沒有王保保舊部的任何記載，由此可知，這支依靠鎮(zhèn)壓紅巾軍起家的部隊(duì)已經(jīng)在捕魚兒海與北元小朝廷一起完蛋。

皮之不存，毛將焉附！北元主力既然遭到了毀滅性的打擊，而北元朝小朝廷也未能幸免于難。大批皇室成員身陷囹圄，這些人員包括已故君主愛猷識(shí)理達(dá)臘的妻子、現(xiàn)任君主脫古思貼木兒的后妃及次子地保奴、公主等，成為階下囚的各類達(dá)官貴人總共有二千九百九十九人。

值得一提的是，明軍還在捕魚兒海俘虜了北元吳王朵兒只。朵兒只是成吉思汗同母弟哈赤溫的后裔。他在世襲的封地上被俘，意味著成吉思汗親自分封的哈赤溫汗國遭到了毀滅性的打擊。只有脫古思貼木兒、太子天保奴以及少數(shù)隨從坐著數(shù)十匹戰(zhàn)馬乘亂逃出了包圍圈。明軍出動(dòng)精騎追擊千余里，都督余通淵所部一直打到了克魯淪河，因追之不及，方才撤了回來。戰(zhàn)斗結(jié)束后，藍(lán)玉為了以防萬一，下令那些披掛著鎧甲的俘虜兵一律把它們從身上除下來。這樣一來，各類鐵甲、皮甲在地上堆成了一座座小山。明軍放了這把沖天大火之后，遂班師。

明軍放火焚毀，將所有的兵器焚毀，蒙古鐵騎的威名此時(shí)也隨著各種盔甲在熊熊烈火中煙消云散，化為烏有。然而，武器的焚毀絕不等于歷史悠久的蒙古騎兵從此也銷聲匿跡，這支被打散了的游牧軍隊(duì)能否東山再起，有待后人。