李蓮英于1911年去世，享年64歲，李蓮英死的時候清朝朝廷給了李蓮英一千兩白銀，這白銀全部用來修建陵墓，而這座陵墓位于北京恩濟莊的太監墓地中。李蓮英墓是一座豪華墳墓，但是這座墳墓后來遭到了破壞，遺留下來的就只有墓志銘的拓片。看李蓮英的喪葬規格在歷史上是最高的，因為在太監墓地中，李蓮英有自己的獨立院落，整個院落中有石柱橋，有牌坊。入門牌坊寫有“欽賜李大總管之墓”，進入院內，整個墓園格局分布清晰，東西兩側建有兩座亭子。墓頂采用三合土修筑，其墓碑則是用上乘的漢白玉打造，高3.5米，款1米，從這墓碑就則以看出其墓葬規格有多高了。

李蓮英墓有一個比較遺憾的點就是缺少名家的墓志碑文，其名聲不好，所以沒有文人雅士為其撰寫碑文，只有后人對其吹捧和美化。太監墓地中論其規模最大就屬李蓮英墓了，建墓之初，耗費了巨大的人力物力和財力，其墓頂上采用的三合土是用蛋白，石灰，江米粥灌漿三種攪拌而成的，可謂是材料成本之巨大。1966年，李蓮英墓遭到了破壞，造反派砸開他的墓塚，在墓塚中發現了無數珍寶，如鉆石帽飾，青玉土浸劍，滿黃浸玉鐲，青玉褐浸環，這些都是無價之寶。最讓人震撼的是李蓮英的墓中只有李蓮英的一個頭顱和小辮子，其尸身消失不見了。隨著李蓮英墓的發掘，對于李蓮英的死因也受到了各種猜測與說法。

文革時期，李蓮英的墳墓被挖掘，打開棺材的一刻讓人汗毛一豎，因為棺材中只留下了一顆頭顱和一根辮子，李蓮英的身體不翼而飛了。這讓人對李蓮英的死不禁發出了疑問。李蓮英死之前就遭到了分尸還是死后造成的呢？據其墓志銘記載，李蓮英下葬時尸身是完整的，是死后遭到了分尸。當時李蓮英的尸體發現的時候引起了一陣轟動，紛紛猜測其死亡之謎，且說法不一。

說法一：否認死于革命黨人之手。民間傳說中，一種說法是李蓮英是被革命黨殺死的，死于辛亥革命期間。順治帝期間，明文規定宦官不準干預朝政，李蓮英做事小心謹慎，絕不可能不能為而為之，所以他也不可能結黨營私，參與黨派之爭。沒有參與任何黨派，何來得罪革命黨？李蓮英出宮的時候，已經是高齡老頭了，沒了慈禧太后，對政事沒影響，所以死不死也沒大礙了。說法二：李蓮英被仇敵所殺，人活一輩子，再怎么圓滑也會得罪一兩人的。說法三：被債主殺死，李蓮英去山東討債，在半路上就被人殺害了。說法四：死于疾病，李蓮英得了痢疾，患病4天就病發身亡了，但是這個顯然立不住腳，因為李蓮英死于1911年3月份，是初春，這種時節得痢疾太過于牽強。李蓮英的死說法眾多，但是均沒有站的住腳的論證支撐，也沒有直接證據來證明李蓮英的死，文獻資料模糊記載，民間傳言撲朔迷離，李蓮英的死成為了一個謎，讓世人為其爭破頭腦。