萬(wàn)歷早期引起群臣進(jìn)諫的主要事件是國(guó)本之爭(zhēng)，即立太子的問題。因?yàn)槿f(wàn)歷不喜歡他的長(zhǎng)子朱常洛，想立他所寵愛的鄭貴妃之子朱常洵為太子，大臣們以維護(hù)祖制為名，掀起了勸諫的狂潮，這場(chǎng)長(zhǎng)時(shí)間的君臣拉鋸戰(zhàn)被稱為“國(guó)本之爭(zhēng)”。

萬(wàn)歷不喜歡朱常洛母子，是因?yàn)樗麄兣c一樁丑事聯(lián)系在一起。萬(wàn)歷九年(1581年)的一天，萬(wàn)歷皇帝像以往一樣來(lái)到慈寧宮向他的母后請(qǐng)安，不巧的是太后不在慈寧宮，慈寧宮的一名年僅十七歲宮女王氏向十九歲的萬(wàn)歷獻(xiàn)茶，萬(wàn)歷見這位宮女端莊秀美、姿色宜人，一時(shí)沖動(dòng)寵幸了她。這件事情做得很不合適宜，時(shí)間是在向母后問安時(shí)，地點(diǎn)在母后宮中，人物是母后身邊的宮女，事件是淫事，所有要素均不符合儒家倫理道德。

明代講究禮義廉恥，對(duì)于飽讀圣賢之書的萬(wàn)歷來(lái)說，這無(wú)疑是一件失禮且令人感到羞愧的事，在他內(nèi)心肯定不想讓人知道這件事。然而王氏十分不給面子，竟然暗結(jié)朱胎，懷了龍種，將皇帝這點(diǎn)隱私暴露在大庭廣眾之下，令他十分難堪。

身邊美女如云的萬(wàn)歷怎么會(huì)看上母后宮中的一個(gè)宮女，而且還有如此高的命中率？他是一時(shí)沖動(dòng)，還是掉進(jìn)了別人有意設(shè)計(jì)的陷阱？這位宮女是純屬被動(dòng)，還是為了改變自己的命運(yùn)有意設(shè)計(jì)？如果說其中有陰謀，她是自己主動(dòng)勾引，還是秉承太后懿旨？我們無(wú)法知道具體的細(xì)節(jié)，但我們可以想象，萬(wàn)歷肯定對(duì)這個(gè)“拉鏈門”事件的女主角有所不滿。

慈圣皇太后一直期待著皇長(zhǎng)孫的誕生，對(duì)于這次兔子吃窩邊草的事件不僅不見怪，還十分欣喜，第二年六月，她要求萬(wàn)歷承認(rèn)此事，并封宮女王氏為恭妃，萬(wàn)歷本想抵賴，但是太后拿出了太監(jiān)所記內(nèi)起居注，他只好承認(rèn)。八月，被冊(cè)封升級(jí)的王恭妃不負(fù)眾望地產(chǎn)下了一個(gè)兒子，萬(wàn)歷卻一點(diǎn)也高興不起來(lái)。

同年三月，年僅十四歲大興人鄭氏被選入宮并冊(cè)封為淑嬪，在以后的兩年里，鄭氏依靠她的美貌、聰明以及在歌舞、詩(shī)詞等方面的良好修養(yǎng)征服了萬(wàn)歷，不久就被封為德妃，萬(wàn)歷與鄭氏的感情是真正的愛情。

萬(wàn)歷十四年(1586年)，鄭氏為萬(wàn)歷產(chǎn)下了他們的愛子朱常洵，萬(wàn)歷大喜過望，打算晉封鄭德妃為地位僅次于皇后的皇貴妃。而先前為萬(wàn)歷產(chǎn)下長(zhǎng)子的恭妃王氏卻沒有得到這樣的待遇，于是宮中盛傳萬(wàn)歷欲立鄭貴妃之子朱常洵為太子，并寫有信物交鄭貴妃保存。

按照明代“立嫡、無(wú)嫡立長(zhǎng)、兄終弟及”的繼位制度。朱常洵是沒有機(jī)會(huì)超過他的哥哥朱常洛的，然而，一旦皇后去世，鄭貴妃可以升為皇后，這樣按照有嫡立嫡的法則，就可以名正言順地立朱常洵為太子。

“國(guó)嘴們”相信萬(wàn)歷晉封鄭德妃為皇貴妃是為朱常洵接班鋪路搭橋，于是紛紛上疏指責(zé)皇帝專寵?quán)嵸F妃，要求按照制度和習(xí)慣先晉封皇長(zhǎng)子朱常洛的生母恭妃王氏為皇貴妃，也有人直接要求“冊(cè)立東宮”，由此拉開了對(duì)明代政治影響深遠(yuǎn)的國(guó)本之爭(zhēng)的帷幕。

對(duì)于國(guó)本之爭(zhēng)，大多數(shù)人都認(rèn)為錯(cuò)在萬(wàn)歷，但事情并不是那么簡(jiǎn)單。萬(wàn)歷很可能有廢長(zhǎng)立幼的想法，長(zhǎng)子朱常洛是“拉鏈門”事件的產(chǎn)物，次子朱常洵則是真正愛情的結(jié)晶，萬(wàn)歷心中應(yīng)該厚薄不均，群臣的批評(píng)并非完全是無(wú)理取鬧。但是按照《大話西游》里唐僧的說法，萬(wàn)歷廢長(zhǎng)立幼只是一個(gè)構(gòu)想，還沒有成為事實(shí)。況且皇后還年輕，生嫡子的可能性不能排除，萬(wàn)歷并沒有違反祖制，所以群臣沒有必要搬出觀音姐姐(朱元璋)，逼迫孫悟空(萬(wàn)歷)就范。

當(dāng)時(shí)的文臣中，希望通過刺激皇帝使皇帝記住他們名字甚至希望通過皇帝一頓斥罵、痛打、貶謫而沽取清譽(yù)的人不在少數(shù)。維護(hù)繼位祖制，在政治上永遠(yuǎn)正確，無(wú)疑是一個(gè)很好的炒題，那些批評(píng)萬(wàn)歷的言官動(dòng)機(jī)并不單純。

萬(wàn)歷認(rèn)為冊(cè)封貴妃與立儲(chǔ)沒有關(guān)系，大臣不該把這兩件事聯(lián)系起來(lái)，他斥責(zé)群臣“屢借風(fēng)聞之語(yǔ)”，找他的毛病，而對(duì)于“鬻貨欺君，嗜利不軌”這類真正的問題卻視而不見，實(shí)在是“好生可惡”。對(duì)于這類奏章，他說：“此不過欲沽名爾，若重處之，適以成其名”，于是“卷而封之”，這就是萬(wàn)歷“不批”的由來(lái)。

黨爭(zhēng)形成以后，言官淪為黨爭(zhēng)的打手和先鋒，其擁有的監(jiān)察權(quán)和話語(yǔ)權(quán)淪為斗爭(zhēng)的工具，各種冠冕堂皇的議題背后，往往藏著不可告人的目的，令執(zhí)政者眼花繚亂，進(jìn)退失據(jù)，出現(xiàn)了朝廷大員甚至皇帝被小小言官左右的奇特現(xiàn)象。

萬(wàn)歷二十九年冬，萬(wàn)歷正式冊(cè)封朱常洛為東宮太子，然而國(guó)本問題不僅沒有因此結(jié)束，反而變本加厲，那些在黨爭(zhēng)中受到皇帝處理的人利用繼位問題制造了“《憂危竑議》妖書案”、“《續(xù)憂危竑議》妖書案”、“梃擊案”等案件，以此打擊政敵、轉(zhuǎn)移焦點(diǎn)或是報(bào)復(fù)皇帝。

與進(jìn)諫動(dòng)機(jī)日趨復(fù)雜化相適應(yīng)，萬(wàn)歷的冷處理也不斷升級(jí)，由不批發(fā)展到不朝、不任免官員，這種“獨(dú)到”的處理方式，被許多人認(rèn)為是怠政。