秦始皇統一六國之后，對在政治、經濟上實行的改革，然而這些改革并不是一帆風順的。還在統一之初，就在要不要分封諸子為王的問題上發生了一場爭論。以丞相王綰為首的一批官吏，請求秦始皇將諸子分封于占領不久的燕、齊、楚故地為王。認為這樣有利于鞏固秦的統治。但廷尉李斯則堅持反對態度。認為，春秋戰國諸侯之所以紛爭，完全是西周分封制造成的惡果。只有廢除分封制，才可免除禍亂。

秦始皇采納了李斯的意見，認為立封國 ，就是樹敵兵。于是在全國確立了郡縣制。

事隔八年之后，公元前213年，在秦始皇于咸陽宮舉行的宮廷大宴上，又發生了一場事故;還是“郡縣制”的爭論。焚書之舉正是由此引發的。在宴會上，仆射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德.博士淳于越針對周青臣的腴詞提出了恢復分封制的主張。他說：臣聞殷周之王千余歲，封子弟功臣，自為輔枝。今陛下有海內，而子弟為匹夫，卒有田常、六卿之臣，無輔拂，何以相救哉？事不師古而能長久者，非所聞也。今青臣又面腴，以重陛下之過，非忠臣。秦始皇聽后不動聲色，把淳于越的建議交給群臣討論。丞相李斯明確表示不同意淳于越的觀點。他反駁說：三代之爭，何可法也.儒生不師今而學古， 道古以害今，如不加以禁止，則主勢降乎上，黨與成乎下，統一可能遭到破壞。為了別黑白而定一尊，樹立君權的絕對權威，他向秦始皇提出焚毀古書的三條建議：

(1)除《秦紀》、醫藥、卜筮、農家經典、諸子和其他歷史古籍，一律限期交官府銷毀。令下三十日后不交的，處以鯨刑并罰苦役四年;

(2)談論《詩》、《書》者處死，以古非今者滅族，官吏見知不舉者，與同罪;

(3)有愿習法令者， 以吏為師。秦始皇批準了李斯的建議。在宴會散后第二天，就在全國各地點燃了焚書之火。

不到30天時間，中國秦代以前的古典文獻，都化為灰燼。留下來的只有皇家圖書館內的一套藏書。

在焚書的第二年，又發生了坑儒事件。坑儒不是焚書的直接繼續，而是由于一些方士、儒生誹謗秦始皇引起的。秦始皇在攫取到巨大權力和享受到榮華富貴之后，十分怕死。在統一中國之后，他異想天開地要尋求長生不死藥。方士侯生、盧生等人迎合其需要，答應為秦始皇找到這種藥。按照秦律謊言不能兌現，或者所獻之藥無效驗者，要處以死刑。侯生、盧生自知弄不到長生不死藥，不但逃之夭夭，而且誹謗秦始皇天性剛戾自用，專任獄吏，事情無論大小，都由他一人決斷，貪于權勢 等等。秦始皇聽后，盛怒不可抑止，以妖言以亂黔首的罪名，下令進行追查，并親自圈定460余人活埋于咸陽。這即是所謂的“坑儒”事件。

“焚書坑儒”的實質其實是統一思想的運動。當年秦始皇統一六國之后，在政治結構上，廢除了分封制，在全國范圍內施行郡縣制;在文化上，統一了文字，以小篆為標準的官用文字;在經濟領域內，統一貨幣，統一度量衡。這些措施都是國家大一統的基本要素，是國家強暴力能夠控制的要素。但有些東西是國家強力結構很難駕馭的，特別是在秦朝初年，戰國時期剛結束，百家仍然在爭鳴中，思想領域內極度混亂，而一個國家能在多大程度上統一，最主要的條件是能在多大程度上形成共同的價值觀，而思想混亂是形成共同價值觀的大敵。

因此，光在政治、經濟、文化等方面有大一統措施還不行，最關鍵最長遠的統一要素是思想的統一，形成統一的核心價值觀念，才能讓政治、經濟、文化等領域內的統一措施有效。

對于剛剛統一的秦朝來說，統一思想就是維護大一統的關鍵措施。因此，秦始皇在找到了幾個儒生茬之后，一場統一思想的文化運動就開始了，手段是激烈了點，但客觀效果明顯的。雖然統一的秦朝只持續了十幾年，但秦朝以后的所有統治者，無一不把統一思想看成維護統治的關鍵手段，到漢武帝罷黜百家，獨尊儒術，中國大一統思想正式形成。此后所有的統治者，基本上都把儒家思想作為國家的核心思想。