同治十三年(1874)十月，同治出痘。阿魯特氏焦急萬(wàn)分，立刻帶領(lǐng)六宮供奉“痘花娘娘”，為皇上祈福。十一月，天花出盡，卻余毒未清，由于余毒侵入經(jīng)脈，沒(méi)多久，同治的病情急劇轉(zhuǎn)下，腰部紅腫、潰爛以至流膿。

在這種情況下，阿魯特氏沖破慈禧的阻攔，去看望病重的同治，并不顧臟臭，擦拭膿血。看到奄奄一息的皇帝，她心如刀割，不覺(jué)淚流滿(mǎn)面，傾訴獨(dú)居宮中、備受虐待之苦。同治強(qiáng)打精神安慰她：“你暫且忍耐，總有出頭之日。”不料這話(huà)被慈禧布置在宮中的耳目聽(tīng)見(jiàn)，立即向慈禧匯報(bào)。慈禧勃然大怒，闖入暖閣，拽住阿魯特氏的頭發(fā)，一邊往外拉，一邊痛打，并揚(yáng)言要杖責(zé)皇后。

杖責(zé)是懲罰太監(jiān)和宮女的手段，慈禧此舉，分明是要侮辱阿魯特氏。病床上的同治看著這一幕，又驚又怒又急，氣急攻心，竟暈了過(guò)去，宮內(nèi)頓時(shí)亂成一團(tuán)，慈禧才未對(duì)皇后動(dòng)刑。驚嚇之下，同治的病情更嚴(yán)重了幾分。同年十二月初五，同治去世，終年19歲。14天后，兩宮太后發(fā)布懿旨，封阿魯特氏為嘉順皇后。

光緒元年(1875)二月二十日，阿魯特氏逝于儲(chǔ)秀宮，年僅22歲，距同治去世不過(guò)75日。對(duì)于阿魯特氏的死因，官方說(shuō)法是皇后過(guò)于悲痛，抑郁于心，乃至抱病而死。這一說(shuō)法含糊不清，有許多可疑之處，阿魯特氏年紀(jì)輕輕，才22歲，平時(shí)身體健康，無(wú)病也無(wú)災(zāi)的，怎么會(huì)突然死去？于是阿魯特氏自殺而死的傳聞在民間傳開(kāi)，有人說(shuō)她吞金而死，有人說(shuō)她吞鴉片而死，也有人說(shuō)她是服毒而死。

無(wú)論哪種死法，都是說(shuō)阿魯特氏死于自殺。同治死后，阿魯特氏在宮中的境況愈加險(xiǎn)惡。在慈禧的授意下，同治的堂弟載被擁立為帝，即光緒。如此一來(lái)，她的地位便格外尷尬，既不是皇后又不是皇太后，教她何地自處？

據(jù)說(shuō)阿魯特氏的父親崇綺曾試探性地請(qǐng)示慈禧如何安置皇后。慈禧冷酷地回答：“即可隨大行皇帝去罷。”意思是讓皇后殉葬。崇綺驚得目瞪口呆，但也只能照辦。恰巧阿魯特氏寫(xiě)來(lái)一張字條，詢(xún)問(wèn)父親該怎么辦。崇綺忍痛在字條上寫(xiě)了個(gè)“死”字。

至于慈禧為何要將阿魯特氏逼上絕路，民間還有很多說(shuō)法。有人說(shuō)阿魯特氏是鄭親王端華的外孫女，端華是慈禧的政敵，慈禧因而遷恨阿魯特氏。也有人說(shuō)，阿魯特氏懷了孕，慈禧怕生了皇子，立為新帝，阿魯特氏成了皇太后，自己就不能垂簾聽(tīng)政了。還有人說(shuō)，同治臨死前寫(xiě)了遺詔立儲(chǔ)，慈禧為了自己能掌權(quán)，私底下燒毀了遺詔，立自己屬意的載為帝，她擔(dān)心阿魯特氏把這一秘密揭發(fā)出來(lái)，故要將她治死。