崇禎十七年(1644年)三月，李自成攻克北京，四月二十一日，李自成親自統率農民軍主力十萬人(另一種說法是六萬人)在一片石一役中被吳三桂與清軍合兵擊敗，四月二十九日，李自成匆忙在北京稱帝后于次日率部向西安撤退，隨著清軍的步步緊逼和大順軍的節節敗退，李自成先后棄西安、太原，之后又在湖北陽新、江西九江接連被清軍大敗，最后在敗退到湖北通城九宮山時被當地民軍殺死。

李自成死后不久，其大將劉宗敏又在與清軍作戰時被俘并處死，一時間，大順軍陷入了群龍無首的境地，而南下的清軍又在此時不失時機的對農民軍開始了分化瓦解，以期在最短的時間內鏟除這股反叛勢力，讓我們一起看看這些大順軍余部的最后結局。

李自成死后，原本駐守陜北和寧夏地區的西路農民軍也開始南撤，他們也相繼進入了兩湖地區，清廷不失時機的對這股十多萬的農民軍開始了拉攏利誘，但這支軍隊的將領李過和高一功并沒有被清廷收賣，他們南下聯合南明何騰蛟、堵胤錫、瞿式耜等聯合抗清，號“忠貞營”，南明隆武帝賜李過名赤心，封為興國侯，守荊州，在率部轉戰湘、桂數年后，李過因軍中疫病流行而病死，高一功之后率領余部一直堅持抗清到永歷三年(1649年)，忠貞營由慶遠(今廣西宜山)往貴州轉移之時，高一功途中遭孫可望部襲擊而陣亡，忠貞營也隨之瓦解。

原本追隨李自成的東路農民軍二十多萬人在李自成死后，稱李自成為先帝，其妻高氏為太后，推舉李自成三弟李自敬(后在轉戰中不知所蹤)為首領，但當時農民軍中的田見秀、郝搖旗、王進才、張鼎、李來亨等人各有自己的勢力(每人都有兩三萬的部眾)，這些將領們實際上誰也不服誰。

敗退湖北后，這些農民軍也南下聯合南明共同抗清，并接受南明的官職，但隨著清軍的不斷取勝，南明政權所控制的地域也越來越小，在四處轉戰中農民軍的兵力也大量消耗，之后田見秀降清后被殺，郝搖旗在永歷十七年(1663年)進攻四川巫山時被俘殺。王進才所部初留屯湘陰，之后被清軍擊敗并轉掠沅州、貴州之間，在貴州被孫可望杖殺。

李自敬失蹤后大順軍余部在李過的義子李來亨的率領下堅持抗清，李來亨召集所部數萬人，經過多次血戰，率領部眾自貴州進入川、鄂邊境，同先期到達的郝搖旗等部會師，并聯合當地其他反清武裝，組成了夔東十三家聯軍。最后湖北省興山縣的茅麓山上的密林深處，建立起抗清根據地。永歷十七年(1663年)郝搖旗在進攻四川巫山時被清軍俘殺，1664年(康熙三年)清廷集中川、楚、秦三省清軍和滿洲八旗十萬大軍在靖西將軍穆里瑪的指揮下，圍攻茅麓山。8月4日，寨內彈盡糧絕，李來亨與妻、子等家人撲向熊熊烈火，全家自殺而死。至此，以原大順軍余部為主體的夔東抗清斗爭在堅持了二十年之久后，以失敗告終。