沈萬三知名度極高，是當時中國首富，家資巨萬，甚至民間傳說沈萬三有一只聚寶盆，生財不息。更為甚者，他和明太祖朱元璋故事也被傳的活靈活現，隱隱傳遞說一些欲說還休的秘密。

據《明史》記載：沈萬三曾經幫朱元璋修筑了三分之一的南京城，功不可沒。后來他又自告奮勇，要出資犒勞軍隊，結果沖撞了朱元璋那樣脆弱的自尊心，認為他是故意展示財富，收買軍心，意圖不軌。之后馬皇后的求情下，才免了死罪，被發配到云南。《明史》中記載了朱元璋與沈萬三這樣一段對話：

朱元璋問：朕有百萬軍，汝能遍濟之乎？沈萬三說：每一軍犒金一兩。朱元璋說：此雖汝至意，不須汝也！有場景，有對話，有細節，似乎沈萬三真的是在朱元璋的打擊下被流放而致死的。但事實上，早在明朝還未建立時，沈萬三便病死了，等朱元璋登極稱帝，沈萬三已經早死多年，準確地說，沈萬三是個元朝人。一個已死的人不可能出資修建京城，更不可能被流放的。

雖然沈萬三本人沒有與朱元璋發生關系，但這種傳說也并非空穴來風，而是一種大歷史事件的綜合。明初，天下甫定，朱元璋在大肆屠殺開國功臣的時候，也不遺余力地打擊“地主富商”，沈家作為全國首富，自然是首當其沖。在“胡惟庸案”中，沈萬三的女婿陸仲和被扣上了“胡黨”的罪名，滿門抄斬。

這一點在朱元璋親手編寫的《大誥三編》里有著記錄：這位做了十八年糧長的超級大富翁，罪名是謊報災荒，還出錢收買官吏。皇帝圣明，查明真相，嚴懲不貸，斬草除根。

而洪武二十六年(1393年)的藍玉案，沈家再遭到了毀滅性打擊。有一個叫王行的人，在沈家做過很多年的私塾先生，后來又去了藍玉家做教子弟讀書。沈家為了尋找政治上保護，便想通過王行這個中介，和藍玉搭上關系。結果朱元璋以此為借口，將沈家滿門抄斬。

朱元璋有極端的仇富心理，他為了鞏固自己的天下，強行對富戶們采取遷徙手段，將蘇州、杭州、嘉州、湖州等地四千多家富戶集體遷入南京，美其名曰為“京城繁榮”，實際上是將大批富豪連根撥離本鄉，變相地掠奪他們的財富。因為古人的財富主要是土地，人可以遷徙，土地卻帶不走，包括商業、關系你也帶不走。

朱元璋自洪武十五年(1382年)云南平定后，便不斷將內地居民遷往云南。這項行為被冠上“支持邊疆建設”的美名，實際上也是對富戶變相的打擊報復，因為這些移民當中，百分之六十都是富戶。

明代謝肇《滇略》中記載：“高皇帝既定滇中，盡徙江左良家閭右以實之。故其地土著甚少，寄籍者多。衣冠、禮法、語言、習尚，大率類建業。”可見，沈萬三只是被遷徙中富戶的一員。

“當是時，浙東、西巨室幫家，多以罪傾其宗。”一句不咸不淡的話，背后又有多少人的血淚？

整個明代民間財富積蓄極少，甚至不及兩宋的十分之一。成也蕭何，敗也蕭何。朱元璋想籍此減少民間造反的可能，求得江山穩固，但是后來李自成、張獻忠禍起，滿州禍起，官軍一敗，民間完全沒有抵抗能力，這和漢、唐、宋三朝戰亂時，地方豪族牽頭，結堡筑城，抵抗亂軍，給政府贏得喘息之機有根本的不同。這恐怕是朱元璋沒有想到的。