咸豐帝熱河駕崩后，由他當時唯一的一個年僅6歲的兒子載淳繼承大位，年號同治，第二年(1862年)為同治元年。

同治即位后，尊封咸豐帝的皇后鈕祜祿氏為“母后皇太后”，徽號“慈安”;尊封自己的生母、貴妃葉赫那拉氏為“圣母皇太后”，徽號“慈禧”。由于慈安居于東宮，慈禧居西宮，歷史上又將其稱為東、西太后。

按照清朝祖制，歷代皇帝都是登基后即選陵址、建陵寢，同治登基自然不能例外。但令人費解的怪異事情又出來了，同治當了十幾年的皇帝，兩宮太后卻一直不開口提修建陵寢一事。太后沒有恩準，作為傀儡皇帝的同治自然不敢吭聲。

同治十三年(1875年)十二月初五日酉刻，同治因染上梅毒而撒手人寰，年僅19歲。

同治駕崩后，由于無嗣繼位，便由慈禧做主，將慈禧胞妹的兒子、同治的堂弟兼表弟、年僅3歲半的載接入宮中，并很快讓其繼承大位，年號光緒，第二年(1876年)改元光緒。

同治帝到底是不是死于梅毒？同治御醫的后人和專家的觀點并不一致。

民間長期以來一直流傳著同治帝死于梅毒的種種故事。著名歷史學家蕭一山在他1923年所著的《清代通史》里，也再三強調了同治帝就是死于梅毒。另外，同治皇帝主治御醫李德立的兩位曾孫李鎮和李志綏分別撰文稱，祖上口傳秘聞，同治帝死于梅毒。

據李鎮的解釋，其實李德立一開始就已看出是梅毒之癥，為了慎重起見還約另外一名外科御醫會診，兩人一致肯定是梅毒。但李德立并沒有奏明同治的生母慈禧，因為如實稟報有辱九五之尊，必遭殺身之禍，而知情不報隱瞞病情，也難免治罪。于是他假裝糊涂，既然宮中都說天子出水痘，就照天花來治。對于李鎮的解釋，李德立的另一個曾孫李志綏則是另一種說法，當慈禧聽到李德立的診斷結果后，強迫他宣布是天花，而且要用天花的方法醫治，最終因藥不對癥才導致同治死亡。

皇帝是不可能自由出宮的，同治帝也沒有機會出去逛窯子對此，復旦大學歷史系教授沈渭濱有不同看法，他告訴記者，說慈禧一開始就命太醫以天花治療淫瘡，不符合事實。從《翁同龢日記》來看，皇帝自發疹到12月28日病危，翁氏從太醫處得到的脈案與處方，確實都是患了天花的用藥。12月16日和17日，翁同龢曾被兩次召見，《日記》記載：同治“花極稠密”，“頭面皆灌漿飽滿”，這些都是典型的天花癥狀，而非梅毒。

根據《翁同龢日記》，同治帝之死確實是毒熱內陷，導致“走馬牙疳”而死。

對于這起疑案，沈渭濱從《翁同龢日記》找到了更多的證據。翁同龢是同治帝的老師。自御醫李德立、莊守和確診同治帝得的是天花以來，翁同龢忠實地執行著監督御醫的工作，他每天到御醫處打探病情、查看脈案與處方，并在他的日記中記錄下來。

沈渭濱說，根據《翁同龢日記》所記，同治帝確實是得了天花，導致毒熱內陷，最終“走馬牙疳”而死。(走馬牙疳，是一種較危重的急性口腔病，因發病急驟，故名走馬。)沈渭濱說，從《翁同龢日記》的記載來看，確實有些癥狀與梅毒類似，而且翁同龢幾次探聽病情，得到御醫的回復都透露出若干當天脈案中未曾明言的癥狀。這不能不讓人懷疑，脈案似乎有所隱瞞。同時也說明單從藥方是看不出來皇帝有沒有染上梅毒的。翁同龢是否礙于君臣名分，也有故意隱晦或者不能明說之苦？