紹興十一年，秦檜獲得取得高宗的支持，發動了政界軍界大清洗。堅持反對和議的重要將領韓世忠因為岳飛竭力保全，被檢舉之后罷黜。岳飛本人則因“莫須有”的幾個罪名關押起來進行審查。十二月二十九日，作為又一次達成的“和議”的祭品，岳飛被冤殺在臨安的大理寺中，他的重要助手張憲和他的長子岳云均被斬首示眾。

為防止最有戰斗力的岳飛部的變亂，庸才張俊派遣更為庸才的田師中主持軍務。田師中率領幾千親兵彈壓軍人，毒死了岳飛部中聲望最高的牛皋，又對軍隊進行反復的清洗。宋朝廷將徐慶、于鵬、孫革、朱芾、李若虛、高穎、王良存、夏珙、黨尚友、張節夫等諸多岳飛生前所信賴的文武幕僚紛紛予以迫害，不是貶責、革職，就是流放嶺南。其中不少人最終屈辱的死于嶺南荒蕪之地。此外，只是短暫歸屬過岳飛管領，后長期在廣南率領地方軍摧鋒軍的韓京竟然也被整肅了。摧毀了這樣一個曾在中原呼風喚雨撒豆成兵的作戰集體之后，張俊等還嫌不夠，又對岳飛部進行了縮編，兵力由原先的十多萬人縮減到只有一半左右。

但這只是在軍界的清洗，在政界的迫害之潮才剛剛開始。已罷去的宰執重臣如張浚、趙鼎(逼迫自殺)、王庶(貶死)等人自不必說，知宗正寺趙士褭(褭字應有單人旁，音同“鳥”)、徽猷閣待制劉洪道、大理卿薛仁輔、寺丞李若樸與何彥猷等諸多官員或貶死，或流竄，或奪職。更不提之前列過的名單中的張九成(權尚書禮部侍郎兼侍講)、凌景夏、陳剛中(太府寺丞)、喻樗、樊光遠(秘書省正字)、毛叔度(臨安府司戶參軍)、元盥等等，連秦黨援引入朝，甚至還彈劾過岳飛的何鑄，因為擔任岳飛案的一審法官之后秉公執法，力證岳飛冤屈，不從秦黨的意，也被貶謫。還有很多人受到牽連，遭遇到非常悲慘的命運。這次清洗將政界、軍界上下層中稍有良知，不愿屈從和議投降的人，可謂一網打盡。

在進行了清洗和裁撤之后，統治者們終于感覺到自己心安了。他們沒有想到，岳飛的聲望在荊湖地區卻絲毫沒有因為他的死亡而衰減。紹興三十一年，金主完顏亮南征之時，中央政府派來搞動員工作的御史中丞汪澈，還能親眼見到這只部隊所保持的軍事素養。

他當時“周行舊壘，見其萬灶鱗比，寂無歡嘩，三軍云屯，動有紀律”，不禁嘆到：“良將之遺烈蓋如此！”諸軍校們還向汪澈申訴他們故帥的冤屈，希望能為岳飛平反。汪澈保證一定會將他們的意見報告給中央政府之后，老兵們頓時哭聲如雷，“為我岳公爭氣，效一死！”。

正所謂“國難思良將”，大兵壓境之時，宋高宗開始后悔當初處置岳飛等人的決定，史料記載：“紹興三十(一)年，北虜犯邊，連年大舉，上思曰：‘岳飛若在，虜軍豈容至此。’即時下令修廟宇云。”他還對主持政務的主戰派大臣陳康伯表達過悔意，言及自己早年“不修德”。而將這“不修德”列為罪名之一，最后殺害了岳飛的決策者，恰恰就是他自己。

岳飛死后過了好幾十年，鄂州的老少百姓還張掛岳飛的遺像，奉祀不衰。他的舊部下屬依然結廬而居，傳習他們祖上的忠義故事和勇武的作風，從而有了一個獨特的稱呼“岳飛舊部”。在這個以英雄人物的名號聯系起來的群體中，誕生了在紹興晚期大放光芒的李寶，南宋中期的名將畢再遇(其父為岳飛衛士)，南宋晚期著名軍事家孟珙(曾祖與祖父均為岳飛部下)等在南宋軍事領域很有盛名的人才。甚至到了南宋晚期，主持荊湖防務的大臣李曾伯還向中央匯報說岳飛舊部的子弟多有驍勇之士，只是不愿意從軍為兵，希望國家能多加鼓勵獎掖。