朱翊鈞在位前十年，由于年幼，由母親李太后代為聽政，太后則將一切軍政大事交由張居正主持裁決，實行了一條鞭法等一系列改革措施，使社會經濟很大的發展，是為“萬歷中興”。

萬歷怠政

但張居正死后，萬歷十四年(1586年)十一月朱翊鈞開始沉于酒色之中(一說是染上鴉片煙癮)。后因立太子之事與內閣爭執長達十餘年，最后索性三十年不出宮門，不理朝政，不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講，1589年，朱翊鈞不再出現，內閣出現了“人滯于官”、“曹署多空”的現象;萬歷二十五年，右副都御史謝杰批評神宗荒于政事，親政后政不如初：“陛下孝親、尊祖、好學、勤政、敬天、愛民、節用、聽言、親親、賢賢，皆不克如初矣。”以至于朱翊鈞在位中期以后方入中樞的廷臣不知皇帝長相如何，于慎行、趙志皋、張位、沉一貫等4位國家重臣，雖然對政事憂心如焚，卻無計可施，僅能以數太陽影子長短來打發值班的時間。

萬歷四十年(1612年)，南京各道御史上疏：“臺省空虛，諸務廢墮，上深居二十余年，未嘗一接見大臣，天下將有陸沉之憂。”。首輔葉向高卻說皇帝一日可接見福王兩次。萬歷四十五年(1617年)十一月，“部、寺大僚十缺六、七，風憲重地空署數年，六科止存四人，十三道止存五人”。囚犯們關在監獄里，有長達二十年之久還沒有問過一句話的，他們在獄中用磚頭砸自己，輾轉在血泊中呼冤。

臨江知府錢若賡被朱翊鈞投入詔獄達三十七年之久，終不得釋，其子錢敬忠上疏：臣父三十七年之中……氣血盡衰……膿血淋漓，四肢臃腫，瘡毒滿身，更患腳瘤，步立俱廢。耳既無聞，目既無見，手不能運，足不能行，喉中尚稍有氣，謂之未死，實與死一間耳。首輔李廷機有病，連續上了一百二十次辭呈，都得不到消息，最后他不辭而去。萬歷四十年(1612年)，吏部尚書孫丕揚，“拜疏自去”。四十一年(1613年)，吏部尚書趙煥也“拜疏自去”。吳亮嗣于萬歷末年的奏疏中說：“皇上每晚必飲，每飲必醉，每醉必怒。酒醉之后，左右近侍一言稍違，即斃杖下。”

萬歷三大征

雖然朱翊鈞在內政行為可謂荒唐，但是軍事上，由于朝臣的精諫，仍保持干練的本貌。他遣兵調將，平定播州(遵義)楊應龍之亂的播州之役、平寧夏哱拜之亂的寧夏之役、抵抗日本豐臣秀吉侵略朝鮮以及東北大片地區(奴兒干都司)的朝鮮之役，維護了明朝的統一狀態，并粉碎了日本侵略朝鮮的野心。此三場戰爭合稱萬歷三大征。不過雖然軍事得到維持，朱翊鈞派宦官以勘礦、采礦為名去江南搜刮民脂民膏，百姓怨聲載道，又使明朝政治腐敗到極點。

礦稅之害

神宗親政以后，開始展現其貪婪本性，“數年以來，御用不給。今日取之光祿，明日取之太仆，浮梁之磁，南海之珠，玩好之奇，器用之巧，日新月異”萬歷二十四年(1596年)，明神宗派出宦官充任礦監稅使，掠奪商民，一旦被認為地下有礦苗，房屋就要全部拆除，以便開礦，開礦時挖掘不到時，附近的商家會被指控“盜礦”，必須繳出全部“盜礦”的賠款。礦監所到之處，民窮財盡，“鞭笞官吏，剽劫行旅，商民恨刺骨”“其黨直入民家，奸淫婦女，或掠入稅監署中，士民公憤”，而“帝不問”，成為明代一大惡政。首輔朱賡沉痛地說：“今日政權不由內閣，盡移于司禮。”大學士沉鯉在《請罷礦稅疏》中，亦指出礦稅“皆有司加派于民，以包賠之也”。戶科給事中田大益曾忍無可忍地批評他：“以金錢珠玉為命脈。”

萬歷二十五(1597年)至三十三年(1605年)礦稅使進內庫銀將近三百萬兩，“半以助浮費，半以市珠寶”，更多的財物流入了宦官的腰包，“從萬歷二十五年到萬歷三十四年的十年時間里，礦監稅使向皇室內庫共進奉白銀五百六十余萬兩，黃金一萬二千萬余兩，平均每年進奉白銀五十余萬兩，黃金一千多兩”，可謂“驅率狼虎，飛而食人，使天下之人，剝膚而吸髓，重足而累息，以致天災地坼，山崩川竭”。萬歷二十三年，御史馬經綸直言指斥神宗“好貨成癖”

需要說明的是，上述的說法主要來源于當時的文官系統，礦稅，海稅，茶稅，這些工商稅的利益受害者。當聽從了文官建議的崇禎取消商業稅并以農業稅代替以后，爆發了大規模的農民起義。

女真掘起

此時東北女真族努爾哈赤興起，成為日后中原帝國的隱患。1619年，遼東經略楊鎬四路進攻后金，在薩爾滸大敗，死四萬余人，開原、鐵嶺淪陷，北京震動。朱翊鈞用熊廷弼守遼東，屯兵筑城，才將遼東局勢扭轉。不過朱翊鈞的三十年“斷頭政治”，對人事任免等大事皆置之不理，且僅在必要時才處理政務，使大部分行政部門運作陷于停滯。論者認為這種情況使明朝行政陷于癱瘓。