欲明白袁世凱與張之洞的關系，須對晚清時期的清流、濁流兩股政治勢力有所認識。同治、光緒年間，政壇以品性不同被劃分為“清流”、“濁流”兩派。清流是一群翰林和御史，標榜氣節，喜參劾貪劣官員，對外多主戰，缺點是不諳形勢，放言高論，不切實際，張之洞是其中一員健將，號稱清流的“青牛角”。濁流則是一些頗具才干、喜學洋務的官員，對外常主和，弊端是往往不免貪詐，其中李鴻章、袁世凱是學洋務最著實績，而清流常常攻擊的目標。中法戰爭后，清流的鼎盛時代一去不復返，張之洞從清流派中跳出，轉而學習洋務，成為繼李鴻章等人之后的“洋務殿軍”。李鴻章曾經譏誚說：“天下事為之而后難，行之而后知。從前有許多言官，遇事彈糾，放言高論，盛名鼎鼎，后來放了外任，負到實在事責，從前芒角，立時收斂，一言不敢妄發，迨至升任封疆，則痛恨言官更甚于人。嘗有極力攻訐我之人，而俯首下心，向我求教者。”李言下所指即張之洞。到庚子事變，李鴻章與張之洞因政見不合，以致相互謾罵起來。李主張聯俄，張主張聯日，李力持簽訂辛丑條約，張反對簽約。李上奏曰：“毋聽張之洞書生見解。”有人將此語傳入張之洞耳中，張大怒道：“我是書生，他是老奸巨猾。”為此，慈禧不得不下詔為二人調和。

袁世凱是李鴻章淮軍集團的后起之秀，受李影響甚深。袁做事干練明達，但不免權詐，用人重視實際才干，而不喜文人書生，曾謂：“寧用不通之學生，不用虛名之文士。”甲午之戰后，李鴻章失勢，袁世凱另覓門路，多方鉆營，希望能得到編練新軍的機會。張之洞這時也幫了他一把，保薦袁世凱為練兵人才，稱他“于兵事最為相宜”，可以使他“專意練習兵事”。袁世凱得到小站練兵的機會，奠定了他日后發跡的基礎。

但到庚子事變，袁世凱對張之洞另生意見。當時慈禧與光緒奔逃西安，八國聯軍占據北京，時局混亂幾有亡國之勢。其時袁世凱任山東巡撫，與下屬曹倜品評平亂人才。曹認為李鴻章、劉坤一可以勝任，并言：“李劉而外，惟宮保一人耳。”袁謂：“作搭截題，必有過渡文字。李劉兩公為中興勛舊，予乃新近一人，安能直接而下，必須有過渡文字者，方可貫徹全文。子再思之。”曹稍作停頓，推舉張之洞，并言其才大而力果，由京堂擢升督撫，迭膺艱巨，罔不措置裕如，思可作過渡之一人。袁笑而不言。之后袁世凱領銜參劾端王、剛毅等人主戰誤國，與張之洞產生分歧，方對曹曰：“子猶記前譚論平亂人才乎？毓賢愚昧，以拳匪為義民，揄揚當道，拳匪遂充塞于王公大臣之門，仇鼓之聲遍于都下，六國聯軍深入，卒致兩宮不安，倉皇出走。端王、剛毅、趙書翹等，糊涂昏聵，騰笑全球。在使臣受外人刺激，覺悟自在意中;而疆臣中竟無一人識時務者，豈不為外人所譏？予遂通電全國，約會聯名參奏，乃不贊成者半，不覆電者又半，只有劉制軍即日回電，請主稿會銜。次日李傅相電稱：剛、趙等出為督撫，入為樞臣，何以不明事理，一意盲從。至端王足不出戶庭，素無經驗。折內當嚴參滿漢大臣，帶參端王。如同意，請主稿會銜。予即按照電文擬稿以待。予十五歲時，曾由先大夫帶領，以世晚之禮見張南皮一次，素佩其才識過人，故復去電促之。迨回電，有‘參端王如大阿哥何’一語，迂哉迂哉！予復電謂：‘事果決裂，國亡且不免，遑顧其他？’南皮乃回電允為列銜。蓋參折列名僅四人耳，與子言正相合也。”

李鴻章死后，袁世凱承繼了他的衣缽，成為直隸總督兼北洋大臣。袁世凱對張之洞是既敬重又鄙夷，敬重張是政壇前輩，位高望重，鄙夷的則是張時露書生見解，迂闊不當。但從增強己方政治勢力考量，袁世凱此時對張之洞仍竭力結納。袁世凱初任直隸總督，曾南下漢口，拜會張之洞。袁與張的屬下談論時，就極力贊譽張之洞在湖北規畫宏大，稱：“當今唯吾與南皮兩人，差能擔當大事。”在宴會上，袁、張交談甚為融洽，宴后，屏退仆從，兩人密談二小時之久，后張之洞因精力不支，昏昏沉沉，倚著桌子竟要睡著了。袁世凱悄然退出，吩咐下人勿驚動張大帥。袁以直隸總督身份，按制度出入轅門必須鳴炮，張為炮聲驚醒，急忙追袁，追至下關，兩人各致歉意，約定后會有期。

庚子以后中國政局進入一個新的時代，史稱“清末新政”。袁、張在政府官員中屬于思想較為開明，努力學習西方的一派，在各自轄區對新政的縱深發展和推廣著力最多，北洋新政與湖廣新政也都聲名卓著，領先于其他各省。兩人政治改革趨向相近，時常函電往返，交換意見，取得共識后奏報朝廷。兩人又因稟性、經歷不同而各有所長，在協商過程中，取長補短，彼此尊重，形成了一種既合作又競爭的良性互動。

譬如練兵一項，袁世凱因小站練兵起家，最富經驗，而張之洞自稱“弟儒家者流，豈知兵事”，對袁十分推崇，稱“當世武學，敬當推袁”，所以編練新軍之事張十分注重向袁請教。后來同入軍機，張之洞又問起練兵的秘訣，袁謂：“練兵的事情，看起來似乎很復雜，其實也很簡單，主要的是要練成‘絕對服從命令’。我們一手拿著官和錢，一手拿著刀，服從就有官和錢，不服從就吃刀。”而有關文教方面，因張之洞中過探花，翰林出身，而袁世凱則舉人都未中，故袁世凱多向張謙遜求教。如廢科舉，袁世凱以張之洞為“當代文學之宗”，希望由張主稿，張未同意。袁起草后，立即電張，兩人會銜上奏，但未能取得中樞贊同。后年袁世凱又起草一份請停科舉的奏稿，由張之洞斟酌增減，最終定稿，上奏后得到朝廷批準，在中國歷史上推行了一千多年的科舉制遂告結束。

但袁世凱與張之洞絕非能和衷共濟的同道，兩人在表面的合作關系下，掩藏著多重輕重不一的矛盾與糾葛。袁世凱初會張之洞即遭怠慢，已有心結。而次年張之洞為上京城路過保定，拜會袁世凱。袁率領將領官員數以百計，大擺筵宴，隆重招待張之洞，袁本人也是恭恭敬敬執禮。但就在宴席中間，張之洞又倚案垂首，昏昏入眠，隱約還有鼾聲。張之洞因為起居無節，習慣于夜間理事，晝間午后睡眠，因此精力無法支撐。但袁世凱以為張之洞故作倨傲，怠慢自己，十分不滿。直到數月之后，袁與幕僚憶及此事，猶恨恨不已。后來逢張之洞七十壽辰，袁世凱送壽屏十六幅，命幕僚張一麐作文，張遜之書寫。張一麐不解，問同事，同事稱：“府主以南皮為文章山斗，善罵人，汝與遜之皆出南皮門下，若以為寫作不佳則是自罵其門生也。”張方恍然大悟，同時也慨嘆袁世凱在這等交際應酬的小事上也是如此鉤心斗角。