晉孝武帝司馬曜，字昌明，生于晉哀帝隆和元年(362年)。他的祖父是東晉開(kāi)國(guó)皇帝晉元帝司馬睿，父親是會(huì)稽王司馬昱(后來(lái)的簡(jiǎn)文帝)，母親是李陵容(孝武文太后)。司馬昱共有七個(gè)兒子，但前五個(gè)都早亡，只有司馬曜和胞弟司馬道子存活下來(lái)。

興寧三年(365年)瑯玡王司馬奕繼承皇位后，司馬昱徙封瑯玡王，四歲的司馬曜則繼其父會(huì)稽王之位。太和六年(371年)十一月，大軍閥桓溫帶兵入京，發(fā)動(dòng)宮廷政變，通過(guò)崇德太后褚蒜子之命廢司馬奕為東海王，并擁立瑯玡王司馬昱即皇帝位，是為晉太宗簡(jiǎn)文帝，司馬曜也就成為皇子。

東晉自司馬睿開(kāi)國(guó)江左以來(lái)，一直處于士族門(mén)閥的輪流支配之下，形成門(mén)閥政治的格局，而除了元帝司馬睿、明帝司馬紹稍有作為以外，其他皇帝都是幾乎傀儡般的存在。到了簡(jiǎn)文帝司馬昱時(shí)，這種皇權(quán)不振、士族專(zhuān)權(quán)的局面更達(dá)到極點(diǎn)，桓溫完全掌控了朝廷大政，連謝安都視其為“君”，史稱(chēng)“政由桓氏，祭則寡人”，而他的野心則是要簡(jiǎn)文帝“禪位于己”，達(dá)到傾移晉鼎的目的。

簡(jiǎn)文帝登基僅八個(gè)月便得了重病，于咸安二年(372年)七月二十三日連發(fā)四詔，催促尚居姑孰的桓溫入朝輔政，桓溫故意推辭;五天后，簡(jiǎn)文帝病情加劇，遂冊(cè)封會(huì)稽王司馬曜為皇太子，并遺詔“大司馬溫依周公居攝故事”，又說(shuō)：“少子可輔者輔之，如不可，君自取之。”此時(shí)的晉朝國(guó)運(yùn)可以說(shuō)到了千鈞一發(fā)的地步，因?yàn)榛笢赝耆梢詰{借簡(jiǎn)文帝遺詔而篡晉自立，這是其他士族所不愿看到的。

因此，出身太原王氏的侍中王坦之當(dāng)著簡(jiǎn)文帝的面撕掉了這封詔書(shū)，簡(jiǎn)文帝被迫同意將遺詔改為““家國(guó)事一稟大司馬，如諸葛武侯(諸葛亮)、王丞相(王導(dǎo))故事?！彪S即簡(jiǎn)文帝駕崩。但群臣中仍有懾于桓溫淫威的人提議：““當(dāng)須大司馬處分。”出身瑯琊王氏的尚書(shū)仆射王彪之正色說(shuō)：“天子崩，太子代立，大司馬何容得異？

若先面諮，必反為所責(zé)?！庇谑浅h確定，皇太子司馬曜登基為帝，是為孝武帝。崇德太后又以司馬曜年幼，又在為大行皇帝服喪為由，再次命桓溫行周公居攝故事，命令下達(dá)后，王彪之說(shuō)：“此異常大事，大司馬必當(dāng)固讓?zhuān)谷f(wàn)機(jī)停滯，稽廢山陵，未敢奉令，謹(jǐn)具封還?！贝肆钏煳词┬?。就在晉室命懸一線、不絕如縷的關(guān)鍵時(shí)刻，各家士族門(mén)閥聯(lián)手阻止了桓溫篡晉的陰謀，確保了司馬曜的順利即位及東晉王朝的延續(xù)。

孝武帝司馬曜剛繼位三個(gè)月，就發(fā)生了道教徒盧悚率眾三百人攻入建康殿庭，略取庫(kù)兵，欲復(fù)辟海西公司馬奕的變亂。此亂矛頭直指桓溫，客觀上增加了王、謝等士族抗拒桓溫的效果?；笢卦趯幙翟?373年)二月自姑孰入京，風(fēng)傳他有誅王、謝，移晉鼎的打算，王坦之、謝安等嚴(yán)陣以待，桓溫也只就前一年冬所謂彭城妖人盧悚率眾突入殿庭一事窮加究治。稍后桓溫生病，病中猶要求朝廷為其加九錫，王坦之、謝安等延宕其事。是年七月，桓溫死。孝武帝繼位之初的危機(jī)期總算有驚無(wú)險(xiǎn)地過(guò)渡了。