公元1624年，荷蘭殖民主義者侵略中國東南沿海，占領了臺灣。38年后，也就是康熙元年，即公元1662年，鄭成功從荷蘭殖民主義者手中收復了臺灣。不久，鄭成功去世，其子鄭經繼位。之后，臺灣鄭氏集團內部矛盾重重，鄭經與其叔父鄭世襲為爭奪權力發生火并，政治上越來越走下坡路。而清朝由于當時國內棘手問題很多，對臺灣不能以武力征服，也主要采取“招撫”政策。這樣，使得鄭氏集團暫時取得了一個喘息時機，得以在臺灣維持20年時間的割據統治。

為了實現天下的統一，在康熙元年至康熙八年，清廷多次選派重臣或在廈門，或渡海招撫鄭經，但因鄭經頑固地堅持所謂“朝鮮例”而一直招撫未成。康熙七年，即公元1668年初，康熙皇帝令施瑯來京師，商討解決臺灣問題的大計。施瑯到京師后，詳陳武力統一臺灣的意見，但因當時天下初定，沿海地區人心未穩，施瑯的意見未被采納。不過，康熙意識到武力統一臺灣只是時間問題，因此盡管未采納施瑯的意見，但命其為內大臣，留在京師，以備應急之用。據《康熙勘定臺灣記》記載，康熙八年，“帝又親頒諭旨，委派重臣，赍詔書前往招撫，無奈鄭經一意孤行，招撫未果。”

康熙十二年，即公元1673，南方發生了“三藩”之亂。鄭經利用清廷忙于平定吳三桂、耿精忠叛亂之機，率軍攻占了閩、粵沿海的泉州、漳州、興化、潮州、惠州五府和閩西北的汀州、邵武兩府。康熙十五年，即公元1676年，清廷派軍隊入閩，由于耿精忠又反水降清，與清軍聯合攻打鄭經，鄭經孤軍不支，只好退守金、廈。

當時清軍因吳三桂叛亂尚未平息，無力渡海，所以仍采取招降政策。這樣，清軍與鄭經仍成對峙局面。其后，清廷派康親王杰書、福建總督姚啟圣極力招撫鄭經。盡管鄭經一再拒絕招撫，但由于其部屬將領和兵丁紛紛降清，鄭經被迫收縮防務，主要兵力撤回臺灣。康熙十九年，即公元1680年三月，清軍收復了金門和廈門兩地。

當年底，清朝平定了三藩之亂。此時除臺灣以外的全國大陸基本統一，只有臺灣繼續孤懸海外，不利于中央集權國家的鞏固和統一。因此，收復臺灣勢在必行。

隨著收復臺灣、國家統一的呼聲高漲，康熙皇帝決定加快解決臺灣問題的步伐。但清廷內部在是否武力統一臺灣問題上頗有分歧。朝廷一部分大臣認為，天下初定，“凡事不宜開端，當以清靜為主”，主張緩征臺灣。福建地方的水師提督萬正色也上奏認為“臺灣斷不可取”。福建海防長官寧海將軍喇哈達等也持反對態度。許多朝中大臣“咸謂海洋險遠，風濤莫測，長驅制勝，難計萬全”，力主放棄武力征討。而內閣大學士李光地、福建總督姚啟圣、福建巡撫吳興祚等官員力主乘機攻取臺灣。康熙皇帝在經過一段猶豫之后，最后下決心用武力收復臺灣，以“底定海疆”，實現其一統海內的宏圖。

康熙二十年，即公元1681年六月，康熙皇帝發布詔令：“鄭經既伏冥誅，賊中必乖離擾亂，宜乘機規定澎湖、臺灣。”并令總督姚啟圣、巡撫吳興祚、提督諾邁、萬正色等，與將軍喇哈達、侍郎吳努春“同心合志，將綠旗舟師分領前進，務期剿撫并用，底定海疆，毋誤事機。”他還決定起用施瑯為福建水師提督，作為攻臺主帥，“委以獨任專征”大權，到福建統領軍隊進取臺灣。他下詔書宣布：“今諸路逆賊俱已殲除，應以現在舟師破滅海賊。原任右都督施瑯系海上投誠，且曾任福建水師提督，熟悉彼處地形、海寇情形，可仍以右都督充福建水師提督總兵官，加太子少保，前往福建準備收復臺灣。到日即與將軍、總督、巡撫、提督商酌，克期統領舟師進取澎湖、臺灣。”

施瑯降清后，曾一度出任福建水師提督，率領福建水師自福州的東山渡海攻臺，至清水洋因遇風折回，所以，他對臺灣海峽一帶海上形勢、地理環境、天文風候十分熟悉，這就為清軍取勝創造了有利條件。施瑯到達福建后，迅速組織起一支由原鄭氏降兵及福建新練水師為主的水軍，這支軍隊既熟悉海情，又有多年海上作戰經驗，同時又配備有精良大炮的高大堅固、行駛迅捷的戰船，只待選擇戰機，準備渡海作戰。

鄭軍當時派出能攻善守的大將劉國軒率精兵2 萬余名，大小船艦200余艘，并“緣岸筑短墻，置腰銃環20余里的壁壘”，固守澎湖。康熙二十二年，即公元1683年六月十四日，施瑯率領戰船300 余艘，水師2萬余人，自東山出洋。清軍利用“風利舟快，瞬息飛駛，居上風上流之勢，壓攻擠擊”，一鼓作氣，經過七八個小時激戰，大敗鄭軍。劉國軒率所剩幾只小舟逃回臺灣。這樣，清軍就收復了澎湖列島。

澎湖為臺灣門戶，一旦失守，臺灣即失去了屏障。鄭軍只得上表求降，八月清軍勝利進駐臺灣。由于鄭氏集團政治腐敗，所以清廷統一臺灣得到臺灣各族人民的支持和擁護，清軍至臺灣時“百姓壺漿相繼于路，海兵皆預制清朝旗號以迎王師”。臺灣人民是迫切希望國家統一的。

隨后，康熙皇帝決定在臺灣設臺灣府，下轄臺灣、諸羅、鳳山三縣，隸屬福建省。臺灣、廈門合派一道官管轄。并派兵8千人駐防，設總兵一員，副將二員，澎湖也派副將一員統兵2千人駐防。這樣，臺灣重新統一于清王朝中央政府的管轄之下。

統一臺灣，使臺灣重新回到祖國統一的多民族大家庭中，這不僅對國家統一具有重要意義，對臺灣的經濟、文化的進一步發展也具有重要意義。后來事實證明，臺灣經濟、文化的進一步振興，正是在臺灣重新統一于清朝中央政權管轄之后才出現的可喜結果。