胤禛剛登基，對隆科多非常信任，在許多事情上都咨詢他的意見，一派君臣和睦相協、同舟共濟的景象。

但到1725年下半年，雍正已經對他有所責難，并開始有步驟地打擊隆科多。為什么在短短兩年時間內，雍正的態度就轉了一個大彎呢？

究其原因，主要在于隆科多居功自傲，擅權結黨，已對雍正的皇權產生了不利的影響。

隆科多曾自夸九門提督(步軍統領)權力很大，一聲令下就可以聚集兩萬兵馬。這些話語多少暴露了隆科多擁立胤禛的真相，自然為雍正所忌諱。

實際上，當日暢春園的氣氛必然是非常緊張的，步軍統領所統轄的兵力也確實約有兩萬名官兵，而隆科多說他帶匕首防身也情有可原。但這些話語后來都成了隆科多的罪狀。在罪狀中，胤禛認為康熙去世當日隆科多并不在康熙身邊，也沒有派出近侍之人，隆科多此時重提這些話就是大不敬，就是欺罔，全然沒有顧及此前不久他還因為隆科多的擁戴之功而感恩戴德。

臣子有功，主上高興的話可以恩賞，但不允許你自己表功，不然那就是要挾，就是說明主上無能或者無德，這就是大清皇帝雍正的邏輯。

隆科多對雍正的疑忌不是不知，也想自留退路，于1725年底主動提出辭去步軍統領一職。這一招正中雍正下懷，他早就不想把這個要職留在隆科多手里，而且準備讓與隆科多不甚親密的鞏泰來接手這個職位。以準許隆科多辭去步軍統領一職為契機，雍正開始公開打擊隆科多。

1727年夏，隆科多、圖理琛等人被派往邊境代表清朝政府就邊境問題同俄羅斯舉行談判。當時，盡管他的地位搖搖欲墜，但他恪盡職守，仔細進行實地調查，態度堅決地要求俄國歸還侵占的大片蒙古土地。也許他有討好皇帝的心思，但他維護國家利益的行為應該值得肯定。

可惜，那時雍正已經完全不信任他，反倒因為其他問題把他逮捕回京受審。七月，隆科多被逮捕回京后，其他談判代表不再堅持強硬立場，對俄國做了許多讓步，當中俄簽訂《布連斯奇條約》時，俄國的代表認為俄國之所以能夠獲得成功，“隆科多的被召回”是原因之一。而此時的隆科多已經身陷囹圄，被冠以四十一項大罪定為死刑。

雍正為了避免給人濫殺功臣的譏刺，所以沒有將隆科多處以死刑，而是在暢春園附近建房圈禁。圈禁隆科多的地點頗富意味：隆科多位極人臣以此始，身敗名裂以此終。一年后，失勢的“舅舅”死于禁所。

隆科多并非一無是處。1727年，隆科多被派往邊境主持同俄國的劃界談判。當時，盡管他的地位搖搖欲墜，但他恪盡職守，仔細進行實地調查，態度堅決地要求俄國歸還侵占的大片蒙古土地。也許他有討好皇帝的心思，但他維護國家利益的行為應該值得肯定。可惜，那時雍正已經完全不信任他，反倒因為其他問題把他逮捕回京受審。

最終，“隆科多免其正法，于暢春園外造屋三間，永遠禁錮”。其贓款數十萬兩，于家產中追補。長子岳興阿被革職，次子玉柱被發往黑龍江當差。1728年夏，隆科多于幽憤中死去。而電視劇《雍正王朝》所演，在雍正末年隆科多聯合皇八子等人逼宮也就成了無稽之談。