朱由檢因父親明光宗是皇祖父明神宗所厭的太子，母親是太子所薄的婢妾，幼年并不幸福。五歲時，其母劉氏得罪，被其父下令杖殺，朱由檢交由庶母西李撫養。數年后西李生了女兒，照管不過來，改由另一庶母東李撫養至成人。于公元1622年被哥哥朱由校冊封為信王

熹宗于公元1627年8月(天啟七年)死后，由于沒有子嗣，他受遺命于同月丁巳日繼承皇位，時年十八歲。第二年改年號為“崇禎”。朱由檢即位后，勤于政務。崇禎十五年(1642年)七月初九，因“偶感微恙”而臨時傳免早朝，竟遭輔臣的批評，崇禎帝連忙自我檢討。曾一度使明室有了中興的可能。

同時朱由檢大力清除閹黨。天啟七年十一月，朱由檢抓準時機鏟除了魏忠賢的羽翼，使魏忠賢處于孤立無援的境地，然后一紙詔書，貶魏忠賢鳳陽守陵，旋之下令逮治。在其自縊而死后，下令磔尸于河間。此后，將閹黨二百六十余人，或處死，或遣戍，或禁錮終身，使氣焰囂張的閹黨受到致命打擊。平反冤獄，重新啟用天啟年間被罷黜的官員。起用袁崇煥為兵部尚書，賜予尚方寶劍，托付他收復全遼的重任。

自崇禎元年(1628年)起，中國北方大旱，赤地千里，寸草不生。

江南在崇禎十三年遭大水，崇禎十四年有旱蝗并災，十五年持續發生旱災和流行大疫。地方社會處在了十分脆弱的狀態，盜匪與流民并起，各地民變不斷爆發。

為剿流寇，朱由檢先用楊鶴主撫，后用洪承疇，再用曹文詔，再用陳奇瑜，復用洪承疇，再用盧象升，再用楊嗣昌，再用熊文燦，又用楊嗣昌，十三年中頻繁更換圍闖軍的將領。

農民軍起義已經十多年了，從北京向南，南京向北，縱橫數千里之間，白骨滿地，人煙斷絕，行人稀少。崇禎帝召保定巡撫徐標入京覲見，徐標說：“臣從江淮而來，數千里地內蕩然一空，即使有城池的地方，也僅存四周圍墻，一眼望去都是雜草叢生，聽不見雞鳴狗叫。看不見一個耕田種地之人，像這樣陛下將怎么治理天下呢？”崇禎帝聽后，潸然淚下，嘆息不止。于是，為了祭祀難民和陣亡將士和被殺的各位親王，崇禎帝便在宮中大作佛事來祈求天下太平，并下詔罪己詔，催促督師孫傳庭趕快圍剿農民軍。

崇禎十六年正月，李自成部克襄陽、荊州、德安、承天等府，張獻忠部陷蘄州，明將左良玉逃至安徽池州。崇禎十七年(1644年)，三月一日，大同失陷，北京危急，初四日，朱由檢任吳三桂為平西伯，飛檄三桂入衛京師，起用吳襄提督京營。六日，李自成陷宣府，太監杜勛投降，十五日，大學士李建泰投降，李自成部開始包圍北京，明王朝面臨滅頂之災。太監曹化淳說：“忠賢若在，時事必不至此。”明軍在與農民起義軍和清軍的兩線戰斗中，屢戰屢敗，已完全喪失戰斗力。

三月十七日，農民起義軍圍攻京城。十八日晚，朱由檢與貼身太監王承恩登上煤山(也稱萬壽山，今北京景山)，遠望著城外和彰義門一帶的連天烽火，只是哀聲長嘆，徘徊無語。李自成軍攻入北京。太監王廉急告皇帝，朱由檢在宮中飲酒長嘆：“苦我民爾！”太監張殷勸皇帝投降，被一劍刺死。朱由檢命人分送太子、永王、定王到勛戚周奎、田弘遇家。回宮后寫下詔書，命成國公朱純臣統領諸軍和輔助太子朱慈烺。

又命周皇后、袁貴妃和3個兒子入宮，簡單叮囑了兒子們幾句，命太監將他們分別送往外戚家避藏。他又哭著對周皇后說：“你是國母，理應殉國。”周皇后也哭著說：“妾跟從你18年，陛下沒有聽過妾一句話，以致有今日。

朱由檢又砍死了妃嬪數人，并命令左右去催懿安張皇后自盡。懿安張皇后隔簾對朱由檢拜了幾拜，自縊身亡。十九日凌晨，李自成起義軍從彰義門殺入北京城。然后朱由檢手執三眼槍與數十名太監騎馬出東華門，被亂箭所阻，再跑到齊化門(朝陽門)，成國公朱純臣閉門不納，后轉向安定門，此地守軍已經星散，大門深鎖，太監以利斧亦無法劈開。三月十九日拂曉，大火四起，重返皇宮，城外已經是火光映天。

此時天色將明，朱由檢在前殿鳴鐘召集百官，卻無一人前來，朱由檢說：“諸臣誤朕也，國君死社稷，二百七十七年之天下，一旦棄之，皆為奸臣所誤，以至于此。”最后在景山歪脖樹上自縊身亡，死時光著左腳，右腳穿著一只紅鞋。時年33歲。身邊僅有提督太監王承恩陪同。