1271年，元世祖忽必烈在滅亡金朝之后，又迫使朝鮮半島稱臣，志得意滿之下定都于大都(北京)。他即位后很快開始進攻日本。

忽必烈對日本有著明確的政治目的。第一，自唐代最后一代遣唐使之后，日本已經(jīng)數(shù)百年未通中國，如果日本向忽必烈表示臣服，有助于增加元帝國的權威性，對忽必烈鞏固權力頗為有利;第二，當時元帝國正在對南宋發(fā)動最后的進攻，而日本是南宋的重要貿易伙伴。從切斷其外援的角度，獲得日本的臣服頗為重要。第三，元軍征服朝鮮半島后，高麗“三別抄”軍發(fā)動起義，曾尋求日本方面的支持，忽必烈感到了鐮倉幕府對自己的威脅。

1275年，元軍第一次進攻日本的戰(zhàn)役打響了，元軍選擇的進攻地點是最近的北九州地區(qū)。

首先遭到攻擊的是日本與朝鮮半島間的門戶對馬島。農歷十月初三，元軍從朝鮮半島的合浦，即今鎮(zhèn)海灣馬山浦悄然出擊，六日凌晨突然出現(xiàn)，成功登陸對馬島。元軍全殲島上日守軍，攻占對馬島。接著，于十四日發(fā)動對壹岐島的攻擊，戰(zhàn)火開始燒近日本本土。十六、十七兩日，元軍開始攻擊日本本土，在九州松浦、平戶等地進行多點襲擾性登陸。二十日，這次戰(zhàn)役中兩軍最大的決戰(zhàn)在博多灣發(fā)生。此一戰(zhàn)，十萬日軍全軍崩潰，放棄博多等地，逃往北九州的首府太宰府。

戰(zhàn)爭的轉機在不經(jīng)意間出現(xiàn)。元軍在追擊日軍的時候有些得意忘形，實際在前方指揮作戰(zhàn)的左副元帥劉復亨位置一度突出陣前。日軍大將少貳資景是一名神箭手，見此情景返身一箭將其射傷。

盡管進展順利，但因為主帥受傷，元軍決定停止追擊，撤回船上休整，第二天再次進攻。對日軍的戰(zhàn)斗力元軍沒有看在眼里。他們沒有想到，這一去，就再也沒有能夠回來。當天夜里，北九州正好受到了一次臺風的襲擊，心驚膽戰(zhàn)的日軍守候一夜之后，第二天早上驚訝地發(fā)現(xiàn)海面上連一條元軍的船都不見了。

第一次東征日本，元軍因大風造成大批船只失事，據(jù)稱溺斃、失蹤一萬三千余人，損失慘重，被迫中止。

感到雙方矛盾無法調和的鐮倉幕府態(tài)度十分強硬，在1275年和1279年兩次將忽必烈的使臣杜世忠、周福等斬殺。蒙古貴族上層對此極為震怒，忽必烈為了維護自己的權威，1281年第二次出兵討伐日本。這一次，忽必烈出動兵力約15萬人，是當時世界上史無前例的大型艦隊。然而，這次的作戰(zhàn)進展比第一次要艱難得多。元軍兵分兩路，主力江南軍約十萬人因種種原因直到七月才抵達日本海岸，而東路軍約5萬人則循舊路再次登陸北九州。兵分力散的元軍因為受到日本沿海防御工事的阻礙，尋找登陸點便花費很多時間。登陸后，又遭到早已有備、裝備訓練都得到很大提高的日軍的截擊。傷亡較大，加上疫病橫行，元軍前進速度十分緩慢。

農歷七月三十日，在海上徘徊許久的元軍再次遭遇臺風，這一次的損失更為慘重，特別是遲遲方到的江南軍因為倉促建造的戰(zhàn)船質量低劣而幾乎全軍覆沒，東路軍損失也幾乎達到七成。元朝的第二次對日征討再次失敗。

以后，雖然忽必烈還計劃過第三次征討，但因形勢所限，最終沒有實施。