在位前期

嘉慶四年(1799年)正月，太上皇乾隆帝崩，颙琰開始親政，二月，誅殺權臣和珅，罷黜、囚禁和坤親信死黨，詔求直言，廣開言路，祛邪扶正，褒獎起復乾隆朝以言獲罪的官員，詔罷貢獻，黜奢崇儉，要求地方官員對民隱民情“纖悉無隱”，據實陳報，力戒欺隱、粉飾、怠惰之風，但其對內政的有限整頓，未能從根本上扭轉清朝政局的頹敗。

嘉慶五年(1800年)正月，颙琰命額勒登保辦理剿滅陜西教匪的事務，命德楞泰、魁倫辦理剿滅四川教匪的事務，七月，颙琰命右翼總兵長齡統率吉林、黑龍江的八旗兵到湖北協助剿滅教匪，貴州巡撫瑯玕上奏青苗楊文泰作亂，率兵剿滅，馬慧裕上奏擒獲教匪首犯劉之協，押解到京誅殺，額勒登保擒獲教匪頭目陳杰。

嘉慶六年(1801年)正月，颙琰以傅森為戶部尚書，明安為步軍統領。

嘉慶六年(1801年)四月，立皇貴妃鈕祜祿氏為皇后，晉瑩嬪侯氏為華妃，晉貴人董氏為淳嬪，晉舉人伊里布之女春貴人王氏為吉嬪。

嘉慶七年(1802年)七月，颙琰初次秋狝木蘭。

嘉慶七年(1802年)十二月，川楚白蓮教起義大部分已被鎮壓。

嘉慶八年(1803年)閏二月，颙琰由圓明園還宮，入貞順門，陳德行刺，不成被俘，陳德及其二子伏誅，嚴申宮門之禁，十月，葬孝淑皇后于山陵。

嘉慶九年(1804年)五月，颙琰終于徹底鎮壓了白蓮教起義余部，此戰事遷延九年，清廷耗軍費白銀二億兩，六月，蔡牽于海上起義。

嘉慶十年(1805年)正月，颙琰詔內務府大臣嚴行約束太監的權利。

嘉慶十年(1805年)四月，颙琰查禁西洋人刻書傳教。

嘉慶十年(1805年)五月，詔內務府大臣管理西洋堂，未能嚴加稽查，任令傳教，下部議處，其經卷檢查銷毀，習教佟蘭等獲罪。

嘉慶十一年(1806年)九月，直隸查出假雕印信，串通銀號，虛收冒支大案。

執政中期

嘉慶十三年(1808年)正月，皇二子綿寧釋奠孔子，九月，英國兵船進泊香山洋面，派兵據澳門炮臺，以防御法國保護貿易為借口，十二月，颙琰命皇二子綿寧詣大高玄殿祈雪，賜公舒明阿之女佟佳氏為綿寧繼福晉。

嘉慶十四年(1809年)九月，蔡遷被福建水師提督王得祿圍于定海漁山外洋，裂船自溺，十二月，發生工部書吏冒領戶部、內務府官銀案。

嘉慶十五年(1810年)，二月，颙琰下詔說吸食鴉片有害身體，敕令各督撫斷其來源，鎮壓了爆發于東南海疆的蔡牽起義軍。

嘉慶十六年(1811年)七月，颙琰禁西洋人在內地居住，并禁止人民人接觸天主教。

嘉慶十七年(1812年)正月，颙琰命皇二子綿寧詣太廟行禮，六月，颙琰將閑散宗室遷移到關外盛京居住，給他們蓋房屋并且給田、給銀子。

嘉慶十八年(1813年)，北方爆發天理教起義，部分天理教徒，在太監接應下沖進皇宮，“釀成漢唐、宋明未有之事”，颙琰下詔罪已，同時嚴令對沖進皇宮的起義軍血腥屠戮，無一幸免，并捕殺在城外的頭目林清等，天理教起義被鎮壓。

嘉慶十九年(1814年)十一月，颙琰命開墾伊犁、吉林的荒地，十二月，批準兩廣總督蔣攸铦嚴禁農民為洋人服役，洋行不得私蓋夷式房屋以及清查商欠等各項具體規定。

嘉慶二十年(1815年)正月，颙琰命智親王綿寧至太廟行禮，三月，兩廣總督蔣攸铦疏陳查禁鴉片煙章程，十一月，理親王昭梿削爵圈禁。

嘉慶二十一年(1816年)，拒絕了英國提出的建立外交關系、開辟通商口岸、割讓浙江沿海島嶼的要求，而閉關鎖國的傳統觀念，也使其對外來事物采取盲目排斥態度。