最初，元世祖忽必烈對趙顯母子還算禮遇，將趙顯封為瀛國公，忽必烈對趙顯最初的印象不錯，甚至將公主嫁給他。似乎趙顯的一生雖然因為失去皇位而遺憾，但能在優渥安寧的生活中渡過一生，也算是亡國之君不幸之中的萬幸。

然而，事與愿違。民國史學家孟森認為：元朝統治的一大缺憾是馬上打天下，馬上治天下，沒有能夠更好的管理廣闊中原地區的政治經驗，由此導致了大大小小的反元斗爭此伏彼起，而且很多的起義都是打著宋朝趙家的旗號。

隨著趙顯的一天天長大，過去那個天真無邪的小孩子，逐漸成長為一個成年男人，忽必烈對他的戒心越來越重，這種猜疑終于在一個點爆發了。也許是日有所思，夜有所夢，一天夜里，忽必烈被噩夢驚醒。在夢里，他看到一條金龍纏繞在宮殿的柱子上，向他張牙舞爪。第二天，趙顯來朝覲，恰好就站在忽必烈夢里金龍纏繞的柱子下，忽必烈感到事情非常嚴重，想要殺掉趙顯，以絕后患。

正當忽必烈向自己親近的臣下商量這件事時，公主和趙顯知道了這個消息，公主連夜痛哭流涕，苦求忽必烈放過趙顯，趙顯自己也非常害怕，于是以退為進，乞求忽必烈允許他出家，因為擔心自己在漢地的影響，趙顯主動要求去西藏做喇嘛，專心學習佛法，如此，忽必烈才放過趙顯。

至元二十五年(1288年)，趙顯當了喇嘛，他的母親也出家為尼，趙顯從此專心研讀各種藏傳佛教經文，憑借聰慧的天賦與勤奮的努力，趙顯很快掌握了藏文，逐漸成長為一位佛法精深的上師，他翻譯注解了《因明入正理論》、《百法明門經》等著名藏傳佛教經典，被尊稱為合尊法師，甚至還曾被推舉為薩迦寺的主持。

趙顯有一個兒子，名叫趙完普，在趙完普很小的時候，趙顯便讓它剃度出家，歷史似乎在這里可以結束了，然而這并不是這位末代皇帝的最終命運。元英宗至治三年(1323年)，趙顯已經53歲了。一天，他想到幾十年來，自己身份從皇帝到喇嘛的巨大反差，感慨萬千，作詩一首：

寄語林和靖，梅花幾度開？

黃金臺下客，應是不歸來。

這首詩很快被監視趙顯的人匯報到朝廷，于是不久趙顯被賜死，至于趙顯的兒子則繼續做喇嘛。

在元朝最后一任皇帝元順帝時，中原地區的農民起義風起云涌，更加頻繁激烈，很多義軍都打著宋朝趙姓皇族的旗號，這再次引起了元朝政府深深的擔憂，元廷害怕趙顯的兒子趙完普即使是喇嘛，如果落到起義軍手里，成為精神領袖，那對自己的統治大大不利，因此，至正九年(1349年)五月，元順帝下令，將趙完普以及親屬都遷徙到偏僻的甘肅沙洲安置，嚴禁他們與任何人隨便交往。

在《皇明本紀》中，隱晦的記載了趙顯這系子孫的最終命運。一天夜里，趙顯的舅舅吳涇全，夢見二個僧人來見他。其中一個僧人說：“我是您的外甥啊，我們父子無罪，卻被元廷殺害，準備訴諸于上天，舅舅資助些紙筆吧。”說完灑淚而去，從此，史籍中再無他們的任何記載。

與趙顯相關還有一個傳奇經歷，元朝最后一任皇帝——元順帝脫歡帖睦爾，其實是趙顯的親兒子，據說，在西北地區當喇嘛期間，趙顯身邊有一位容貌美麗的妻子罕祿魯氏。

有一次，趙顯經過朔北扎顏這個地方，正好當時的周王，也就是后來的元明帝和世瓎，被謫配此地，趙顯與罕祿魯氏一同前去拜見。元明帝見罕祿魯氏容顏秀美十分喜歡，便留在身邊做了小妾，罕祿魯氏此時已有身孕，在嫁給元明帝后不久，生下一個男孩，這個孩子就是后來的元順帝。

還有一則更有神話色彩的傳說是這樣講述的：元明帝在朔北時與趙顯關系不錯，經常交往。一天清晨，明帝經過趙顯居住的佛寺，突然看到佛寺上空出現了龍形的五彩花紋，非常驚訝。明帝便去詢問趙顯，寺里新添了什么奇珍異寶。趙顯回答：“沒有什么寶貝，只是剛出生了一個男孩。”不久前，明帝的兒子剛剛夭折，當時沒有孩子，感覺這個男孩身世不凡，于是將他收養為自己的兒子。

關于趙顯與元順帝的血緣關系真偽難定，有人認為趙顯既然已經出家，怎么可能還有妻子，這點好解釋，因為藏傳佛教與漢地的佛教不同，藏傳佛教中的一些派別是可以娶妻生子的。元朝時，藏傳佛教中勢力最強的寧瑪派就是這樣的派別，所以趙顯娶妻生長都是可能的。至于元順帝的血統，不由得讓人想起成吉思汗的長子術赤的血統之謎，成吉思汗的妻子被蔑兒乞人搶走，后來成吉思汗將蔑兒乞人擊敗，重新搶回妻子，在回軍的路上，長子術赤就出生了，成吉思汗自己也懷疑長子的血統，起名“術赤”漢文意思為“客人”，術赤長大后，雖然屢立戰功，但是一直因為血統的原因，被自己的父親、兄弟懷疑，封國也距離蒙古草原本部最為遙遠，年僅40歲抑郁而終。

元順帝也有類似的經歷，順帝的親叔叔元文帝就公開否定他的皇族血統，起初，元文帝準備確定自己哥哥明帝的兒子為儲君，論禮法應該是當時的長子元順帝為太子，可是順帝的乳母告密說：明帝生前經常說，順帝不是他的親生兒子。因此，元文帝將順帝，發配到高麗，把他獨自羈留在大青島中，整整一年，不允許外人接觸。

之后，文帝詔告天下：明帝在西北的時候，經常說順帝不是他的兒子，并將順帝再次發配到廣西靜江，元文帝去世后，元順帝的弟弟懿璘質班先做了皇帝，不久懿璘質班早夭，才由順帝繼位。順帝繼位后談起自己身世，說的有些曖昧：“我自己的家事，你們外人怎么知道呢？”

順帝的血統之謎，還有另外一則旁證，明永樂十五年五月十八日，在武英門，明成祖朱棣和眾大臣一起觀賞宋朝諸位皇帝的畫像。朱棣笑著說：“宋太祖以下，雖然都是胡羊鼻，但氣質清癯，像太醫啊。”第二天，朱棣又來到武英門，觀看元朝諸位皇帝的畫像，朱棣看到元朝皇帝個個魁偉雄邁，笑著說：“都是吃綿羊肉的啊。”等看到元順帝的畫像，朱棣回頭對群臣說：“為什么只有他這么像個太醫呢。”