明朝建立后，雖然大規模的激烈的農民起義過去了，但是小規模的農民運動還時常發生，對此，朱元璋是加以鎮壓的。作為統治者，為了鞏固自己的江山，他害怕千里長堤毀于蟻穴，星星之火頓成燎原之勢。可是，“布衣”出生的朱元璋心里十分清楚，農民造反都是官吏、地主逼出來的，如果不壓制富豪、打擊貪污，大規模的農民起義還會再次爆發，他所建立的新王朝還有被推翻的危險。

因此，朱元璋深有感觸地說：“富民多豪強，元朝時他們欺壓小民，在家鄉為所欲為，老百姓吃盡了他們的苦頭。”明朝建立后，他曾多次召見富民，警告他們不準胡作非為。同時又不得不依靠他們，讓他們充任糧長。這些富豪出于其階級本性，總是貪得無厭地欺壓、剝削勞苦大眾，用各種手段兼并、霸占土地。朱元璋則用嚴刑、重法來打擊這些富豪，同時又制訂新的賦役法來控制他們。

江南一帶的地主所受的打擊最重。他們有的因為支持反動勢力被殺了，有的發配充軍，有的遷往邊區。朱元璋學漢高祖劉邦徙天下富民于關中的方法，在一三七0年一次就遷江南富民及無地農民十四萬戶于他的老家鳳陽。使這些地主離開了自己原有的土地，受到沉重的打擊。蘇州富豪沈萬三的興衰是很能說明問題的。

沈氏原籍吳興南潯鎮，遷到蘇州后，因種地得法又經營海外貿易發財，成了元末富甲東南的巨豪。明朝建國后，沈氏以賄賂因而沒有被遷到外鄉，有沈茂、沈旺兄弟為蘇州的大糧長。一三七0年，曾率蘇州富民五百五十四戶輸糧到京，受到朱元璋的接見，賜給酒食。因為沈氏是最富的上等戶中最“秀”者，所以當時人稱“沈萬三”或“沈萬三秀”。

一三八六年，編制魚鱗圖冊，查出沈旺的兩個兒子隱瞞田產，被送往京師坐牢，出獄后死去。沈茂之子沈階，一三八八年為戶部員外郎，留居京師，成為南京富豪，曾助建通濟、聚寶(今中華門)、三山(今水西門)、洪武等城墻。一三九三年以藍玉案牽連被捕，沈氏后人大部分被殺或充軍，家產沒收。“沈萬三”從此破落。

朱元璋又說：“我過去在民間時，見到由儒生出身的縣官大都迂腐得很，辦不成事情;由小吏出身的縣官大都奸詐而好玩弄手法，以致敗壞政令坑害百姓，加上災荒，弱者無法生存，強者就起來造反。這些都是貪官污吏造成的。”官逼民反。因此，他對貪官污吏非常痛恨。明朝建立后，朱元璋對貪官污吏的打擊是中國歷史上所罕見的。

有一次，朱元璋外出視察，查出當地長官有貪污行為，便下令把這縣官殺了。因為這縣官貪財，就剝下他的皮塞滿稻草，把它掛在公堂里，下一任縣官只要抬起頭來看見他的前任是如此下場，就觸目驚心，不敢再胡作非為了。

他還下令：凡地方官貪污者，不得阻止老百姓到京城告狀;凡貪污六十兩以上的地方官，一律殺頭示眾，剝皮實草，掛在公座兩旁。盡管朱元璋以這種嚴厲的辦法去打擊貪污，卻仍然不能從根本上解決問題。

他感慨地說：“用這種辦法本意是消除貪官污吏，誰知道早上殺了晚上又有人犯罪。今后貪污者不論其輕重，一律殺頭！”朱元璋根本不懂得貪污違法是地主階級的本性和封建制度本身造成的，因此他也無法解決貪污犯罪問題。